随着经济的快速发展,农村土地的细碎化已经不能满足集约化规模化的经营需求,农村土地需要通过流转来发挥其经济功能,从而提高土地利用率,优化生产资源配置。农村土地的流转一方面能有助于规模化的生产经营,另一方面不会造成土地这种不可再生资源的浪费,对于经济的发展和拥有土地而不使用的农民来说都是存在经济利益的,但是,我国现有农村土地制度以及农村土地流转制度还十分不完善,使得农民在土地流转过程中,其基本权益得不到保护。本文的目的是研究如何完善农村现有土地法律制度,在促进农村土地流转的同时,更为有效保护农民基本权益。本文将农村土地流转划分为所有权流转(即农村集体所有土地的征收)和使用权流转(即承包经营权的流转和宅基地的流转)。首先分析了农村土地流转中保护农民权益的必要性以及在农村土地流转中可能被侵害的农民的基本权益,如土地财产权、流转自主选择权、流转收益权、知情参与权和求偿救济权；然后参考了发达国家在有效促进农村土地流转的同时保护农民基本权益的经验,从我国现有相关的法律制度出发,分析了我国农村土地流转中保护农民权益的现状以及对农民权益保护的不足。如在所有权流转中,农村土地所有权主体虚位,导致在所有权流转中没有确定的集体组织来维护广大农民的具体权益,在土地征收中,公共利益的界定不清导致非法征收,补偿机制的不完善导致农民得不到足够的补偿款,救济机制的缺乏导致农民权益受到损害却没有救济途径等等；在使用权的流转中,由于对于农村土地承包经营权流转对象、流转方式的限制以及市场机制的缺乏,使得农村土地不能自由、高效的流转,农民对土地的使用权受到限制；在宅基地的流转过程中,由于缺乏相应的宅基地流转法律制度,使得宅基地的流转无法可依,应尽快出台相关法律制度,使得宅基地发挥其土地财产权利的同时受到相关法律的保护。最后,在分析以上问题后,依据流转方式的不同分别提出了解决问题的方式以及相关的配套设施：首先明确集体土地产权,确定所有权主体；其次完善土地征收法律及相关制度；再次完善承包经营权的流转机制,建立市场化的流转机制；对于宅基地流转无法可依的情况提出建立有利于保护农民权益的宅基地流转法律制度,最后完善农村土地流转的配套措施,使得在农村土地有效流转的同时更好的保护农民的基本权益。