观赏桃因花型丰富、花色众多、色泽艳丽等特点深受人们的喜爱,国内外现有观赏桃种质资源约100份。在种质资源创新利用的基础上,国家果树种质南京桃资源圃在种质创新群体中偶然发现了花、叶、果同时呈问色的株系‘PCM-1’(后被定名为‘金陵锦桃’),其花为粉红-白间色,叶片为紫红-绿间色。‘金陵锦桃’的问色性状能够无性传递,无性系中也能分离出较低比例的纯色株系；间色性状能够有性遗传,F1群体中出现一定比例的间色单株,但不符合简单性状的孟德尔遗传规律。‘金陵锦桃’的间色性状在桃遗传资源中十分罕见,为研究其颜色突变的分子机理,本研究采用SSR标记技术对‘金陵锦桃’亲本及不同颜色无性材料进行鉴定；利用cDNA-AFLP技术,从转录水平初步探索花色调控相关的基因；对无性分离获得的不同颜色的无性系进行转录组测序,分析差异表达基因。主要结果如下：1、以15份观赏桃种质为试材,用20对荧光标记的SSR引物进行‘金陵锦桃’的亲本鉴定；发现‘金陵锦桃’的母本为‘红粉佳人’。用174对普通SSR引物和150对荧光标记的SSR引物进行‘金陵锦桃’、’PCM-1R’(叶片纯红)和’PCM-1G’(叶片纯绿)间的差异鉴定,但未能在‘金陵锦桃’、’PCM-1R’、’PCM-1G’三者之间发现差异,表明其基因组SSR水平具有很高的相似性。2、通过对cDNA-AFLP反应体系的关键因素筛选和优化,建立了桃的cDNA-AFLP分析体系：改良CTAB法提取桃花的RNA较完整,纯度较高；反转录形成的双链cDNA经EcoR Ⅰ和Mse Ⅰ完全酶切后,16℃连接过夜；20μL的体系中,2.0μL连接产物作为预扩增反应的模板,并且预扩增反应的循环数为30,稀释10倍的预扩增产物作为选择性扩增的模板,扩增结果较佳。3、通过cDNA-AFLP技术对’PCM-1R’与’PCM-1G’差异表达的基因进行分析,克隆、测序和基因比对分析。结果表明：17个TDFs与已知功能基因具有较高的相似值,8个涉及信号转导、5个涉及代谢过程、2个涉及细胞分化、1个涉及光合作用、1个涉及转录调控。4、选取12个与桃转录组具有同源基因的差异基因进行qRT-PCR验证,目的基因表达量以参照基因(TEF2)作为标准进行相对定量分析,此结果与cDNA-AFLP的分析结果一致。同时发现5个基因(ppa005282m、ppa025850m、ppa001038m、ppa010768m、ppa023284m)在白花、绿叶基因型中表达量高,2个基因(ppa007494m和ppa015603m)在粉(红)花、紫红叶片基因型中表达量高。5、对’PCM-1R’和’PCM-1G’进行转录组测序,分析差异表达基因。结果表明：’PCM-1R’与’PCM-1G’之间存在419个差异表达的基因,其中在’PCM-1R’中上调的基因有160个,下调的基因有259个。KEGG生物途径分析发现15个差异表达基因参与类黄酮生物合成途径,推测’PCM-1R’与’PCM-1G’颜色差异是多基因共同作用的结果。