第四纪冰期对全球气候造成了巨大的改变，影响了物种的繁殖演化、地理分布格局以及种群间的遗传结构。近年来，亲缘地理学(Phylogeography)在推测物种的冰期避难所位置方面被广泛应用。本研究以社鼠为研究对象，探究其在冰期时的避难所及其间冰期的扩散路线从而为研究该物种种群间的演化过程提供理论基础，能够为生物多样性的保护提供理论基础。同时也探讨了温度以及相关指标纬度和海拔是否对社鼠线粒体基因在选择压力作用的作用下产生了适应性进化。　　本研究首先通过线粒体Cyt b基因对来自中国17省243只社鼠复合体体进行分子界定，分析分子鉴定为社鼠的地理种群间的亲缘关系、系统发育和历史演化动态，最后选取线粒体Cytb、ATP6和ATP8基因分析其在环境中的选择压力，进而探究社鼠的适应性进化。本文主要得到以下几个结论:　　(1)社鼠的种群分布范围明显地比传统认识的要小，在中国主要分布区应为云南、四川和长江以北地区。社鼠复合体种群在广西、山东、西藏和云南等地存在着隐存种。　　(2)社鼠的分化主要是由于青藏高原的隆起引起气候变化导致的，特别是昆黄运动后和冰期间冰期的多次回旋导致广泛分布的社鼠种群多次退缩和扩张，由地理隔离产生多个地理谱系结构，但在各谱系的分布区地理关系上仍有重叠。　　(3)在冰期时，社鼠在南北方存在着多个避难所，但避难所之间依然存在着少数通道，能够进行基因交流。末次冰期后，随着气候的回暖北方气候的干燥，分布在华北地区的社鼠向东北和南扩张至长江一线。而存在于四川中部的群体则向东扩散。　　(4)选择压力分析，社鼠在选择上主要受纯化选择的作用。线粒体Cyt b和ATPase在温度、纬度和海拔上并没有表现出相应的变化趋势。　　通过本研究证实以传统形态学鉴定为社鼠的群体实则为社鼠复合体，而分布在长江以南地区的社鼠与海南白腹鼠N.lotipes构成单系群。社鼠的演化是由于青藏高原隆起，冰期问冰期的多次回旋事件导致中国大陆气候发生强烈地变化而在各自分布区内产生谱系分化。广泛分布的社鼠在适应环境各自分布区的环境形成其特有分布区的适应机制，与高原土著动物的适应性进化有着不同的分子适应机制。