党的十六大以来,党中央、国务院把积极创建创新型国家、提升国家自主创新能力上升为国家战略,要求“建设各具特色和优势的区域创新体系”；“十二五”规划提出“促进区域协调发展,积极稳妥推进城镇化”的战略目标,将城镇化作为推动中国发展的新动力,让城市成为中国崛起的支点。在此背景下全国各大城市、各级政府均提出加快城市的创新发展,纷纷出台系列城市创新建设的有利政策,在建设资金、环境等方面给予全面支持,一场城市创新建设与发展的热潮席卷全国,这也引起了学术界对于区域创新体系建设的广泛研究。在综述国内外学者关于区域创新体系概念、结构、评价、实证和阶段识别等研究成果的基础上,以区域创新体系的顶层结构设计上的不足和评价指标选取上的缺陷为突破口,尝试构建以城市群为典型代表的城市区域创新体系“四三结构”运行评价模型,选取我国12大城市群的共计60个典型城市为样本进行实证研究,系统评价我国城市区域创新体系的运行状况,深层次剖析了我国典型城市区域创新体系运行的层次结构差异,并运用贝叶斯判别法尝试划分了我国典型城市区域创新体系运行的阶段。本文的研究总共分为6个章节,第1章对选题研究的背景和意义进行了简要的介绍,并对区域创新体系研究的国内现状进行了综述；第2章在导师团队“四三结构”研究成果的基础上,从城市的视角阐述了城市区域创新体系“四三结构”模型及其构成的12个要素,对其内容进行了简单的界定；第3章设计了区域创新体系运行评价的指标体系,对指标选取的逻辑进行了简单介绍,这丰富了城市区域创新体系的研究体系,将研究聚焦于城市区域创新体系内部结构和顶层模型设计；第4章和第5章是本文的实证研究部分,第4章通过对选取的60个典型城市创新投入、创新主体、创新内容和创新产出四个维度以及区域创新体系的整体运行进行了评价,对比分析了60个典型城市存在的结构和层次差异,并依据指标体系指出了城市开展区域创新的侧重点,并根据聚类分析将60个典型城市分为国内领先层、快速追赶层、稳步发展层和探索起步层；第5章基于贝叶斯判别,尝试划分了我国城市区域创新体系的阶段,从模型和计量方法上拓展了阶段识别的相关研究；最后对全文的研究内容进行了总结和展望。