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目的：明确梅毒螺旋体基因亚型及临床相关性有助于梅毒的临床诊治和预防及其流行趋势的监控,但重庆地区目前尚无梅毒螺旋体的分子流行病学特点的相关研究报道,本研究旨在明确重庆地区梅毒螺旋体基因亚型分布特点和初步探索其临床相关性。方法：收集2010年6月-2013年10月重庆医科大学附一院、重庆市人民医院(原重庆市第三人民医院院区)、重庆市第一人民医院、重庆市中心血站、重庆市疾控中心和重庆市检疫局确诊梅毒临床标本421例,并收集其中169例于重庆医科大学附一院、重庆市人民医院(原重庆市第三人民医院院区)和重庆市第一人民医院就诊的梅毒患者临床病史和门诊随访资料,利用巢式PCR检测临床标本polA基因筛选阳性梅毒标本,然后分别用半巢式、巢式和普通PCR扩增polA基因阳性临床标本酸性重复蛋白基因(arp)和苍白密螺旋体重复基因组(tpr)及TP0548基因,MseI酶酶切tpr基因产物,凝胶电泳分析arp基因60bp碱基序列重复数目和tpr基因MseI酶切片段多态性,检测TP0548基因序列。分别根据Pillay标准基因分型和三基因分型法进行分型,并分析不同基因亚型与梅毒血清固定和复发之间的差异是否具有统计学意义。结果：421例梅毒临床标本,163例polA PCR扩增阳性,阳性率为38.7%。116例arp阳性标本基因型包括14型(77例占66.4%),13型(14例占12.1%),12型、15型(各11例占9.5%)和16型(3例占2.6%)；114例tpr阳性标本基因型为d型(78例占68.4%),f型(14例占12.3%),a型(11例占9.6%),b型(6例占5.3%)和g型(5例占4.4%)；117例TP0548基因序列分析发现f型(82例占70.1%),c型(14例占12.0%),d型(13例占11.1%)和g型(8例占6.8%)；Pillay标准基因分型发现9个基因型：14d(50例占43.9%),14f和13d(各14例占12.3%),15d(11例占9.6%),12a和14b(各6例占5.3%),14a和12g(各5例占4.4%),16d(3例占2.6%)；三基因分型方法将9个双基因亚型进一步分为14个基因亚型,包括14d/f(45例占39.5%),14f/f(14例占12.3%),13d/d(10例占8.8%),15d/f(8例占7.0%),14b/c(6例占5.3%),14d/c、12a/f和12g/f(各5例占4.4%),13d/g(4例占3.5%),14a/f、15d/g和16d/f(3例占2.6%),14a/c(2例占1.8%)和12a/g(1例占0.9%)。正规驱梅治疗12月后,32例血清滴度未转阴患者,其中19例为d型,2例为a型,2例为b型,1例为f型；3例患者梅毒复发,其中2例为TP0548基因c型,1例为f型。不同基因亚型与血清固定形成、梅毒复发和吉海反应发生率的差异均用双侧Fisher’s exact test统计分析。结论：潜伏梅毒患者血清固定发生率最高,二期次之,一期最低；重庆地区梅毒螺旋体以14、d和f型为优势型。梅毒血清固定可能与tpr基因b型相关(x2=20.533,P=0.000046); 14f/f基因型的二期梅毒患者易发生苄星青霉素治疗后吉海反应。