在我国经济发展的新格局下,医药行业成为发展国家经济及维持社会稳定的重要产业,我国政府更是明确提出“健康中国2030”发展规划,强调医药行业发展能提升国家医疗保障水平,缓解健康服务的供需矛盾、提升国际竞争力。但经济快速发展带来市场竞争加剧、要素资源日益稀缺,医药企业若想高效发展,占据市场有利地位,提升财务绩效必须大力开展创新投入。此外,作为企业人力资本的核心,管理层能力的高低不仅决定着医药企业是否能够利用有限的资源实现收益及效率的最大化,更影响着创新投入产出的财务绩效水平。本文以医药行业的财务绩效作为出发点,分析创新投入及管理层能力对财务绩效存在的影响,并将管理层能力作为调节变量,探究管理层能力在创新投入与财务绩效之间起到的调节作用。本文在对创新投入、管理层能力及财务绩效的现有研究文献进行归纳总结的基础上,结合产品生命周期理论、人力资本理论、委托代理理论、高层梯队理论对三者关系的内在机理进行合理分析,并提出本文假设。通过选取2015-2019年沪深A股医药企业的上市公司数据作为研究样本,建立模型开展实证分析,结果表明:（1）创新投入对医药制造企业财务绩效具有滞后性影响。（2）管理层能力有利于推动医药企业财务绩效的提升。（3）企业创新投入对滞后期财务绩效的影响受到管理层能力的正向调节。根据以上的实证研究结论,本文提出了相关的对策建议:企业应当增强整体价值链建设,通过加强生产链建设,提高自身的创新投入水平;医药企业应加强管理层建设,提升管理层能力水平;此外,医药企业还需培育管理层的创新意识,提升管理层创新决策的能力。本文的研究可丰富创新投入、管理层能力和财务绩效间关系的相关文献,对管理层能力作用后果的探究有一定拓展。