在证券市场中，中小投资者是参与数量较多的群体，并在上市公司中发挥着重要作用。他们的权益能否得到保护直接影响到投资者的情绪、证券市场及上市公司的长久发展。目前，所有者与经营者之间传统的代理问题逐渐被控股股东与中小股东之间新型的代理问题所取代。中小投资者的权益不断受到其他主体的侵害，不仅受侵害的手段和方式有新的变化，而且受侵害的程度有加重的趋势。当中小投资者权益受损害的案例持续不断出现，对他们的保护也就越来越紧迫而有意义。从公司治理角度来研究中小投资者问题，是从本质上对中小投资者进行保护。在研究中，首先界定了中小投资者的研究范围，并对公司治理和中小投资者保护的内容、现状、评价指标等分别进行阐述，深入说明两者之间的相互关系。然后，针对中小投资者权益受损害的表现进行归类和分析，分别从公司治理、中小投资者保护及公司绩效三方面提出各自的衡量指标，并建立了本文的结构方程模型。所选的数据经过描述性分析、信度检验和效度检验达到了筛选的目的，在此基础上，对建立的初始模型进行实证检验。利用模型的路径系数量化了各变量间的关系，并通过模型的拟合数值判断模型的可接受程度。最后，为了提高模型的拟合度而进行模型的修正，总结出各变量之间的影响程度。根据公司治理和中小投资者权益保护之间的理论分析和实证检验所得结果，本文从控股股东、独立董事、企业文化、内部监督制度、关联交易、信息披露，投票方式、法律制度等方面有针对性地提出保护中小投资者权益的建议。期望这些建议能够为后续的研究和制度制定提供参考帮助，从而最终提高中小投资者的保护力度和水平。