川芎和日本川芎是两种具有相似功效的常用药物，同属于芎穹类。川芎Ligusticum chuanxiong Hort．被《中国药典》收载：而日本川芎Cnidium officinale Makino被《日本药局方》收载。本课题对川芎和日本川芎进行了系统的生药学和分子生物学分析研究，旨在探讨这两种植物的亲缘关系，为二者的分类、鉴定及优质种质资源的筛选等研究提供科学依据。1．对川芎和引种栽培于四川的日本川芎进行形态组织学特征的比较研究。结果表明，川芎与日本川芎在叶片，根茎，繁殖方式上有较大区别；根茎横切面的皮层宽窄程度，油细胞分布有差异。2．首次采用RAPD(随机扩增多态性DNA)技术，对采自2个地区的35个DNA样品用筛选的15个RAPD引物进行扩增，进而进行聚类分析。3．首次采用ISSR(简单重复序列标记)技术，对采自2个地区的20个DNA样品用筛选的4个ISSR引物进行扩增，进而进行聚类分析。4．从川芎药材中分离得到8个化合物，运用TLC、HPLC、~1H-NMR等方法鉴定了这8个化合物，分别为：棕榈酸(palmitic acid)，欧当归内酯A(levistolide A)，β—谷甾醇(β—sitosterol)，孕烷醇酮(pregnenolone)，胡萝卜甙(daucosterol)，阿魏酸(ferulic acid)，原儿茶酸(protocatechic acid)，咖啡酸(Caffeic acid)。5．运用HPLC技术，比较了川芎和日本川芎醇提物中的成分，探寻了两者间的化学成分差异。结果显示：两种川芎色谱图中的吸收峰数没有明显差异，但对应吸收峰的面积差异较大。其中1#，4#，5#峰可作为区别两种川芎的特征峰。