【摘 要】
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比较基因组学是后基因组时代基因组研究的一项重要内容.面对比较基因组学中庞大而复杂的基因组数据,建立一个合适的基因组分析工具不仅能起到有效的辅助作用,而且可以相当显
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比较基因组学是后基因组时代基因组研究的一项重要内容.面对比较基因组学中庞大而复杂的基因组数据,建立一个合适的基因组分析工具不仅能起到有效的辅助作用,而且可以相当显著地提高工作效率. 该研究根据需要,设计和开发了"SeqAs"序列分析软件,软件主体部分共有20个模块,涉及序列编辑、氨基酸翻译、在线Blast比对、序列数据库统计等.软件的分析辅助功能较为全面,与同类软件相比, 该软件最显著的特点就是能进行同源性比对分析时多个序列数据库和比对结果数据集的浏览、查询和数据的统计分析.软件运行稳定、界面友好、通用性较强. 该研究中利用多种植物的数据库,特别是拟南芥的基因组数据库和GeneBank的核酸、Swiss-prot的蛋白质以及EST数据库,结合较可靠的基因预测软件FgeneSH及自行设计开发的序列分析软件"SeqAs",对拟南芥和粳稻基因组中与部分信号传导、代谢、蛋白质合成、细胞生长和细胞分裂有关的5类基因作了同源性比较分析,分析结果表明这5类239个拟南芥基因在粳稻基因组中仅有54个基因能找到一定程度的同源性,同源率为22.6％,同源程度相对较低.在这5类基因中,同源程度从高到低依次为"蛋白质合成">"细胞生长">"代谢">"细胞分裂">"部分信号传导",它们的同源率分别为100％、80％、52.2％、44.4％和6.9％.另外,在DNA水平上具有很高同源性的(E值≤1E-30)序列有14条,较高的(1E-4≤E值<1E-10)有16条,较低的(E值>1E-4)有16条;在氨基酸水平上,同源程度很高的16条,较高的有2条,较低的有7条.对高度同源的序列进一步作了关于位置、功能、EST拼接等分析.
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