基于土地资源有限性、我国日新月异的社会发展情况,传统的土地观念以及人类需求无限性,我国日益增长的建设用地指标需求与耕地保护、保障粮食安全的需求矛盾越发凸显。为了保护耕地,我国以政府适度干预原则、可持续发展原则为理论基础,建立建设用地指标控制制度,土地资源从初始的粗放式管理转变为以空间规划为基础,以建设用地指标为工具,精细化、数字化管理每一块土地的土地用途管制制度。然而,在建设用地指标控制制度实践过程中,产生诸多问题,建设用地指标控制制度陷入了现实困境,面临“政府主体角色定位不明晰”、“建设用地指标控制制度依据的法律法规不完善”、“欠缺完善的建设用地指标配置激励制度”三大难题。首先是我国政府主体角色在建设用地指标控制制度中对自身的定位不清晰,中央政府过度干预,指标的分配者与指标的使用者利益不一致,信息不对称,导致指标难以贴合实际需求,“刚性有余,弹性不足”;地方政府责任缺失,在地方政绩考核压力与城市化进程的资金需要、可交易指标隐藏的利益驱动下,忽视政府主体责任,盲目追求短期自身利益最大化,滥用职权,催生政府权力寻租等现象。其次是建设用地指标控制制度依据的法律法规不完善,法律体系混乱,各类规划均从自身职能出发,缺少能够统筹全局的法规规划来协同各方要素;缺失必要的公众参与机制,在指标所依据的规划制定过程中,缺失民主参与的环节,也没有市场主体监管的环节,在规划施行时期,各利益主体甚至无法在受到侵害后寻求救济。最后是欠缺完善的建设用地指标配置激励制度,在政府失灵的情况下,我国在部分试点地区创新性创立指标市场化模式,但是该制度缺乏立法认同,也没有建立健全的建设用地指标交易程序,指标市场化模式的交易范围也比较有限,指标生产来源主要为存量集体建设用地,来源有限,复垦的类型为耕地,较为局限。出于上述问题,诸多学者针对建设用地指标的存废产生争议。基于制度衡量原则,即制度存废取决于其制度利益能否实现,该制度的核心利益始终是保护耕地,而保护耕地这一目标,至今没有其他制度能够取代建设用地指标控制制度在保护耕地中发挥的作用。因此,应当在保留该制度的同时努力寻求完善该制度的路径。就上述问题,本文提出了完善建议:第一,明确政府主体在建设用地指标控制制度中的角色定位:首先将政府持有的土地调控权用法律进行规范,完善土地调控权的法定程序,健全指标行政配置、指标行政许可、指标配置审查等法律程序;制定具有可操作性的指标配置标准;要增加外部的监督程序,设置指标信息公开制度,让建设用地指标配置公开化、透明化。其次,促进政治制度以及法律规章制度合理的分配公共权力并且划分各权力主体的责任,增加他律制度,建设保障权责统一的制度基础;建立责任清单,健全问责机制,完善职责行使流程图、明晰追责的情形以及追责依据;引导政府树立正确的科学的政绩观念。第二,完善建设用地指标配置法律依据:首先健全全国土空间规划体系,确立国土空间规划指导统筹地位,以专统筹;促进规划融合,进行多规合一的法治化改革,形成体系化的空间规划体系。其次,建立平等协商的公众参与机制,彰显民意,政府完善信息公开制度,保障决策的公开性与透明性;建立与建设用地指标配置相关利益主体的参与机制;建立起专家听证制度,保障规划的科学性、可操作性;还需要建立事后的救济机制,在相关的利益主体的利益受到政府编制的规划损害时,有权向行政机关申请行政复议,或者寻求司法救济,提起行政诉讼。第三,完善建设用地指标配置激励机制:首先要建立建设用地指标交易制度的立法认同,明确建设用地指标交易制度的立法依据,稳定相关的利益主体在建设用地指标交易过程中的合理预期;其次,完善建设用地指标交易程序,设立类似北交所、上交所的土地指标交易和信息披露的土交所,加强市场化,促进指标交易价格与指标真实价值相匹配;再次,扩大建设用地指标交易范围,提高落后地区建设用地指标的交易价格,激励指标复垦的产出,弥补发达地区指标供应不上或者成本过高的短板,推动区域发展公平;最后,扩大建设用地指标生产来源与复垦类型,将利用效率低下的建设用地指标纳入复垦的范围,提高指标的容积率,更好的实现指标的空间价值;因地制宜,将不适宜复垦为耕地的建设用地复垦为者其他生态用地,充分发挥其生态作用。