麦穗鱼属（Pseudorasbora）隶属于鲤形目(Cypriniformes)，鲤科(Cyprinidae)，鮈亚科(Gobioninae)，现有四个种。其中，麦穗鱼（P.parva）属广布种，广泛分布于中国、韩国、日本及俄罗斯等地区。断线麦穗鱼（P.interrupta）和长麦穗鱼（P.elongate）仅分布于中国大陆地区，而北方麦穗鱼(P.pumila)则仅分布于日本。　　本文以麦穗鱼属的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)和控制区序列(D-loop)为分子标记进行联合分析，对麦穗鱼属的系统发育关系以及麦穗鱼的种群遗传多样性进行了研究。主要结果和结论如下:　　1.麦穗鱼属共检测了176尾个体，包括152尾麦穗鱼、20尾断线麦穗鱼、从GenBank上下载2尾北方麦穗鱼以及2尾长麦穗鱼，经序列比对，获得COI+D-loop组合序列长2124bp。四种麦穗鱼的遗传距离与碱基差异率显示，麦穗鱼与断线麦穗鱼的遗传距离(0.005)和碱基差异率(6.83％)显著小于其它种，说明它们之间的亲缘关系较近，分化程度较低。　　2.基于组合序列构建的NJ树、 ML树和贝叶斯树的结果基本一致。断线麦穗鱼与麦穗鱼聚为一支，且与麦穗鱼是共享单倍型，说明断线麦穗鱼跟麦穗鱼基本无分化。麦穗鱼、断线麦穗鱼与北方麦穗鱼构成了姐妹群，说明北方麦穗鱼与麦穗鱼、断线麦穗鱼的亲缘关系较长麦穗鱼要近。长麦穗鱼并未与麦穗鱼、断线麦穗鱼和北方麦穗鱼聚为一支，反而跟外类群扁吻鮈聚为了一支。　　3.形态学研究表明，断线麦穗鱼与麦穗鱼有着显著的形态学差异。但是，线粒体序列联合分析却表明，断线麦穗鱼与我国麦穗鱼种群的遗传差异很小。因此我们推测断线麦穗鱼的形成是人为原因带入到天池里的麦穗鱼，由于气候环境的突然改变，促使其发生突变并快速演化形成的。　　4.所测的20条断线麦穗鱼均属于同一单倍型，说明断线麦穗鱼的遗传多样性是非常低的，推测可能是因为断线麦穗鱼经历了奠基者效应。　　5.通过对15条水系152尾麦穗鱼组合序列分析，共获得序列长2124bp，其中核苷酸变异位点145个，约占总位点数的6.83％，共有55个单倍型。单倍型多样性(h)平均值是0.91966，核苷酸多样性（π）的平均值为0.00788，均表明麦穗鱼具有较高的遗传多样性。　　6.构建的系统发育树中，各麦穗鱼种群之间的聚合并没有呈现出一定的规律，说明不同的地理区间内，麦穗鱼的遗传分化不明显。　　7.单倍型网络图显示麦穗鱼各单倍型之间的变异步数在1-13之间，变异步数较小，表明各种群之间的遗传分化不明显，也没有呈现出一定的地理分化规律。　　8.麦穗鱼各种群的错配分布分析呈多峰分布，中性检验Tajimas D和Fuand LisD值没有均是负显著的，表明15条水系的麦穗鱼种群在整个种群上保持相对稳定，没有发生明显的种群扩张。