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2019年,我国出栏肉鸭44.30亿只,位居世界第一位,鸭肉是仅次于猪肉和鸡肉的第三大肉类消费产品。当前我国居民食品消费需求已由数量转入质量,对畜产品肉质的要求越来越高,高品质优质禽肉具有巨大的市场需求,培育优质肉鸭品种是产业重大需求。骨骼肌是动物躯体最重要的组成部分,占体重的40%～50%。肌纤维形态和肉色与肉品质密切相关,解析鸭肌纤维组织形态与肉色的遗传基础将为优质肉鸭新品种选育提供理论基础,本研究精确测定了绿头野鸭×北京鸭F2资源群体以及双亲的胸肌肌纤维形态及肉色表型,并结合群体全基因组遗传变异数据进行全基因组关联分析,鉴定肌纤维及肉色性状的因果基因。首先对鸭胸肌肌纤维与肉色性状的遗传参数进行估计,试验采集了479只绿头野鸭×北京鸭F2资源群体、10只北京鸭和10只野鸭的胸肌肌纤维直径、肌纤维密度、肌纤维面积三个指标。结果表明北京鸭肌纤维直径、面积均大于野鸭和F2资源群体且差异显著（P<0.05）,肌纤维密度均小于野鸭和F2资源群体。F2代群体三个指标均值介于北京鸭和野鸭之间。同时还采集了479只F2资源群体的胸肌肌束膜厚度、肌内膜厚度这两个指标。在绿头野鸭×北京鸭F2资源群体中,肌束膜厚度为21.65±5.74μm,肌内膜厚度为4.61±1.38μm。在肉色性状上,共测定了555只绿头野鸭×北京鸭F2资源群体的3种胸肌肉色性状（包括红度a*,黄度b*,亮度L*）。遗传力分析显示,肌纤维直径和面积的遗传力均为0.32,属于中等遗传力性状,而肌纤维密度、肌束膜厚度、肌内膜厚度、肌肉亮度L*、红度a*、黄度b*的遗传力分别为0.20、0.17、0.19、0.23、0.12、0.13,均属于低遗传力性状。随后进行了表型和遗传相关分析,肌纤维直径、肌纤维面积、肌纤维密度等相互之间存在着强相关性（r>0.5,r<-0.5）,肌纤维直径与肌束膜厚度、肌内膜厚度、肉色性状等相关性较低（-0.3<r<0.3）。肌纤维形态全基因组关联分析结果显示,在肌纤维直径上存在一个显著的信号,位于chr3:11.16 Mbp-11.40 Mbp,该区间上包含三个基因NDUFAD1、ESF1、TASP1。接下来对影响鸭胸肌肌纤维直径的区间进行精细定位,利用30只北京鸭和40只野鸭的基因组重测序数据对这个区间进行了Fst和θπ检验,发现这个区域中存在选择信号,Fst值接近0.8,且野鸭在这个区域的θπ值是北京鸭的2.3倍。利用群体遗传重组信息对影响肌纤维直径的区域进行精细定位,发现TASP1基因上存在1个6-kb block（11390000 bp-11397000 bp）的单倍型与肌纤维直径为最强关联。进一步研究发这个6-kb区间中有5个候选位点与表型高度相关。肉色性状进行全基因组关联分析发现了1个SNP与肌肉黄度b*潜在显著关联(-log10 P=8.28)。对最高效应SNP进行了连锁不平衡检验,发现了42个SNPs与最高点SNP存在高相关性（r2>0.4）,这些SNPs位于9号染色体370 000～430 000 bp之间,区间中共包含7个基因。通过转录组测序数据分析,发现只有5个基因在胸肌组织中表达。对这5个基因进行功能注释,确定硒蛋白T（Selenoprotein T,SELENOT）基因为影响肌肉黄度的候选基因。