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牦牛作为青藏高原的优势畜种,对低氧、寒冷、强紫外线等高原生态环境具有极强的适应性,在青藏高原地区的畜牧业发展中占有十分重要的地位。本研究采用TA克隆技术对牦牛EGLN1、EPOR基因CDS区序列进行克隆分析,研究探讨其编码蛋白质的结构和功能,以及在类乌齐牦牛和黄牛(西藏牛和三江牛)大脑、小脑、下丘脑、心脏、肺脏、肌肉、肾脏和肝脏中的表达水平;筛选鉴定与EPOR基因相关miRNAs,检测其在组织中的表达差异。结果如下:1.类乌齐牦牛EGLN1基因CDS区全长1263 bp,编码420个氨基酸,与黄牛序列比对,在第482位发生AG转换,编码氨基酸由天冬酰胺突变为丝氨酸,属错义突变。EGLN1蛋白属亲水性的稳定碱性蛋白,亚细胞定位主要分布于细胞核(73.9%),无跨膜结构;翻译后主要修饰方式为磷酸化,磷酸化位点共计30个;有3个低复杂区域和一个P4Hc结构功能域。二级和三级结构以无规则卷曲为主。EPOR基因CDS区全长1527 bp,编码508个氨基酸,与黄牛序列比对,相似性高达99.28%,共发生11处碱基突变,其中6处导致氨基酸突变,分别为第19位(G→C)丙氨酸突变为脯氨酸、第119位(C→T)丙氨酸突变为苯丙氨酸、第138位(G→T)谷氨酸突变为缬氨酸、第584位(G→A)精氨酸变为赖氨酸、第659位(T→G)缬氨酸变为甘氨酸、第1432位(G→A)甘氨酸变为精氨酸。EGLN1蛋白属亲水不稳定酸性蛋白。亚细胞定位主要分布于内质网(44.4%),存在分泌型信号肽(Sec/SPI),跨膜结构位于251~273位。翻译后修饰主要方式是磷酸化,磷酸化位点共50个;存在2个低复杂区域,一个纤维蛋白3型结构域以及一个跨膜区。二级和三级结构以无规则卷曲(57.28%)占主导。2.EGLN1基因在类乌齐牦牛、西藏牛和三江黄牛8个组织器官中均有表达;除臀肌外的其他组织中,牦牛EGLN1表达水平最高,三江黄牛次之,西藏牛最低。EGLN1表达量在牦牛上除臀肌外的其他组织中均极显著高于西藏牛(P<0.01),在三江黄牛的各组织中均显著高于西藏牛(P<0.05)。牦牛肝脏和肾脏组织中表达量极显著高于其他组织。EPOR基因在三种牛的8个组织器官中均有表达,且在各组织中的表达量均为牦牛最高,西藏牛次之,三江黄牛最低。三种牛中,EPOR在肺脏、肾脏及臀肌中的表达量显著高于其他组织(P<0.05)。3.通过TargetScan等数据库筛选得到与EPOR基因相关的miRNAs(bta-let-7b、bta-miR-22-3p、bta-miR-30e-5p、bta-miR-125b)在三种牛的8个组织中均有表达,bta-let-7b在各组织中的表达量均为三江黄牛最高,西藏牛次之,类乌齐牦牛最低。Bta-miR-22-3p在三江黄牛各组织中(除肺脏和肾脏)的表达量极显著高于西藏牛和类乌齐牦牛(P<0.01)。Bta-miR-30e-5p在两种黄牛各组织中的表达量均极显著高于类乌齐牦牛(P<0.01)。Bta-miR-125b在三江黄牛各组织中的表达量均显著高于西藏牛(P<0.05),而在西藏牛各组织中的表达量均极显著高于类乌齐牦牛(P<0.01)。4个miRNAs整体表达趋势均与EPOR基因相反,这几个miRNAs可能是EPOR基因的负调控因子,它们如何参与牦牛的低氧适应性调控有待今后进一步研究。本研究首次对类乌齐牦牛EGLN1基因和EPOR基因进行克隆、蛋白预测分析和RT-qPCR技术检测,并对EPOR基因靶向作用的4个miRNAs进行了RT-qPCR检测,研究结果为揭示牦牛这两个基因的功能、适应高原的分子机制提供了基础资料和科学依据,对牦牛遗传资源的保护、开发利用具有重要意义。