合作演化普遍存在于自然界与人类社会各个领域中，不断推动着自然界乃至整个社会的发展。因此，一直以来，生物学家、人类社会学家及人类行为经济学家都试图对合作行为演化或合作系统的稳定机制作出解释。本文的研究范畴属于合作演化研究，在前人已有研究成果的基础上，我们探索了非理性对博弈策略选择的影响。本文紧跟国内外学术研究方向，并在一定程度上有所创新。以往的研究成果，都假设博弈者是理性的。但事实上，并非所有博弈者都是理性的。显而易见，研究非理性对合作博弈演化系统的影响，是极具学术研究价值和理论意义的。本文从非理性的角度，研究人们合作行为演化的规律，在解释和研究极端行为的领域中具有重大的现实意义和应用前景。　　基于Dreber et al.(2008)与Wu et al.(2009)的实验，我们运用z?Tree软件设计了初始实力为50的二人重复囚徒困境博弈实验。与以往大多数实验设计不同的是，在本文所设计实验中，每位实验参与者均有三种策略（合作、不合作及惩罚）可供选择；实验参与者仅知道自己有75％的可能性与当前博弈对手进行下一回合的交互，却不知道每轮实验具体什么时候结束；实验规则保持不变，在结束当前轮的实验后，所有的实验参与者将会被重新随机配对，配对好后再与新的博弈者进行下一实验轮的博弈交互。本文分析所用数据来源于初始条件基本相同的九次实验，共有240名云南省在校本科生参与了实验。依照本文对非理性的测度方法，共包含61名非理性实验参与者和179名理性实验参与者。　　本文首先对非理性进行度量，其次从五个不同方面对实验数据进行了基本描述统计分析，并结合非参数检验方法对理性与非理性实验参与者进行了差异性分析，最后，构建广义线性模型讨论了在其他影响因素共存时，非理性会影响博弈策略的选择。研究结论表明，非理性者会“反应过激”；非理性者的存在不利于合作；非理性者更倾向于惩罚对手；非理性者更容易招致更多的非理性行为；非理性者获益更少；非理性者能从不合作中受益；非理性者也“赢者不罚”。此外，本文做出了讨论：不应“以暴制暴”；经验累积或性别均显著影响博弈策略的选择；所学专业、年龄或生源地区均显著影响合作与不合作策略的选择。