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长江是中国最长的河流,居世界第三位。长江流域鱼类繁多,超过360种(亚种),其中特有鱼类约180种(亚种),是我国鱼类资源最丰富的地区。由于过度捕捞、水污染及大型水利工程的修建等原因,近20年来长江渔业资源有较大衰退,一些特有鱼类将面临生存威胁。为了更好地保护和合理利用长江渔业资源,采用不同分子标记对一些具有重要经济价值或生态学意义的特有鱼类进行群体遗传分析,是鱼类生态学、水产资源学以及鱼类遗传与育种学不可缺少的应用基础性的研究工作。本研究主要包括两大部分:第一部分是筛选和开发几种长江鱼类的微卫星等分子标记,主要包括:1、利用一种高效的构建基因组富集文库筛选微卫星的方法(FIASCO方法)分离出了一些铜鱼(Coreius heterodon)、圆口铜鱼(Coreius guichenoti)和稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)的多态微卫星标记,研究了它们的特性并进行了相近种的跨种扩增能力测试。2、通过数据发掘,对筛选开发鲤鱼(Cyprinus carpio)位于表达序列标签(EST)的微卫星(EST-SSR)进行了有益尝试,获得了一些I型的遗传标记。3、此外,还开发了能区分鲤科鮈亚科(Gobioninae) 7种鱼(铜鱼、圆口铜鱼、麦穗鱼Pseudorasbora parva、蛇鮈 Saurogobio dabryi、吻鮈 Rhinogobio typus、长鳍吻鮈 Rhinogobio ventralis和圆筒吻鮈 Rhinogobio cylindricus)的RAPD-SCAR标记,结合多重PCR扩增方法,只需要进行两次PCR扩增就能在苗种阶段或胚胎发育早期鉴别这7种鱼。另一部分是利用微卫星标记和线粒体控制区序列分析对长江流域4种重要