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肌内脂肪(Intramuscular fat,IMF)和皮下脂肪是猪的两个重要的肉质相关性状。肌内脂肪含量影响p H值、肉色、嫩度、气味等相关肉质性状,而皮下脂肪也与猪肉质性状和经济价值相关联。众所周知,我国地方猪种脂肪沉积能力强于外来引进猪种,其肉质也较好,受到消费者青睐。此外,脂肪沉积受到多基因、信号通路和Lnc RNAs的调控。研究不同猪种脂肪沉积分子机制,为猪的育种提供理论基础。GEO数据库是世界上最大的公共数据库,并对使用者免费开放。通过对GEO数据库与猪相关的基因芯片和RNA-seq数据进行数据整合和再分析,有利于阐明不同猪种脂肪沉积的分子机制。在本研究中,通过对大白猪和我国地方猪种的背最长肌(longissimus dorsi,LD)GEO数据进行分析,我们筛选出了AMPK、PPAR和脂肪酸代谢三个与猪IMF沉积相关的信号通路。q RT-PCR芯片检测发现:在大白猪LD中,AMPK信号通路中与脂肪酸氧化相关基因表达上调,PPAR信号通路中与脂肪酸氧化和转运相关基因表达上调,脂肪酸代谢信号通路中与脂肪酸分解和氧化相关基因表达上调,此外,与脂肪酸合成相关基因表达下调。这些结果说明AMPK、PPAR和脂肪酸代谢通路是导致大白猪LD中IMF含量降低的主要因素。与此同时,我们还通过western blot技术检测了AMPK,LKB1,Ca MKK2,CPT1A和ACC1蛋白表达变化。结果表明,在大白猪的LD肌肉中,这几个蛋白的表达趋势与相应的基因表达模式一致。在本研究中,通过分析大白猪和我国地方猪种皮下脂肪组织的GEO数据,我们筛选出了核糖体、代谢通路和氧化磷酸化通路。通过q RT-PCR芯片对三个通路相关基因进行表达定量,结果发现在大白猪中皮下脂肪组织中,核糖体通路共有11个基因表达上调,代谢通路有5个基因表达上调,氧化磷酸化通路有4个基因表达上调,说明这三个信号通路参与调控大白猪皮下脂肪沉积。在本研究中,通过利用RNA-seq数据挖掘脂肪沉积相关Lnc RNAs。在LD中鉴定出一个与IMF沉积相关的Lnc RNA(NONSUST005598.1),在皮下脂肪组织中鉴定出三个与皮下脂肪沉积相关的Lnc RNAs(NONSUST011681.1、NONSUST018163.1和NONSUST011273.1)。综上所述,本研究以不同猪种为研究对象,分析了影响猪脂肪沉积的基因、信号通路和Lnc RNAs,旨在为以后猪的育种提供更多的理论基础。