生态补偿是区域生态建设的重要环节和手段，也是目前我国在资源环境管理领域面临的一个重要问题和多学科研究的对象。本文在充分吸收、借鉴各相关学科的理论、方法和研究成果的同时，突出从地理学人地关系的角度，采用生态系统服务功能价值层面和实物层面分析并重的方法，对生态补偿问题进行多时空尺度视野下的理论和应用研究。首先，针对目前国内学界对生态补偿概念的内涵普遍存在偏重价值层面理解的现状，本文对生态补偿的概念内涵做了从人际补偿到人地补偿的拓展和重新界定，为同时开展实物层面和价值层面的生态补偿多学科交叉研究，提供了分析工具。其次，本文对生态补偿的基础理论做了基于新概念内涵的重新审视和建构，提出并论述了生态补偿的基础理论不能仅仅局限于相关经济学理论，而应该同时包括人地关系理论、可持续发展理论、区域分异和区域关联理论、环境公平与正义理论等的看法。第三，基于对生态系统服务、管理和决策的多尺度特性的认识和国内外的生态补偿案例分析，本文对生态补偿的核心理论问题，即生态补偿的主客体、补偿的机制和模式、补偿的额度标准等都做了动态的、具有时空流变特点的分析和探讨，并提出了生态补偿必须与生态系统多时空尺度的自然特性相匹配，才能发挥最好补偿效果的观点，初步构建了具有多时空尺度内涵的生态补偿理论体系。第四，把理论成果应用于福建省和长汀县两个不同尺度区域的生态补偿实践的效果分析中，验证了在实际生态环境管理中，同时注重人际补偿和人地补偿管理的必要性，以及生态补偿必须与特定生态系统的时空尺度相匹配的重要性。第五，在分别对福建省和长汀县的现有生态补偿机制的现状、缺陷及原因做了深入分析之后，在理论指导和国内外经验借鉴的基础上，探讨了福建省和长汀县现有生态补偿制度设计的完善和创新空间。