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2018年3月,国务院进行了机构改革,将中华人民共和国农业部更名为中华人民共和国农业农村部,同时整合国家发展改革委员会、财政部和国土资源部等部门的农业项目,以更好的服务三农,自2004年中国农产品出口出现逆差以来,逆差额逐年增加,故对中国农产品进出口进行研究具有一定的意义。日本一直是中国农产品出口的第一大贸易伙伴国;在样本期间内(2002—2016年),中国对日本农产品出口额占中国对所有国家或地区农产品出口额的比例最大,但是中国出口至日本农产品贸易额占中国总出口额的比例一直在下降,因此研究中国对日本农产品出口波动的影响因素,从而优化农产品的出口结构,提高农产品的竞争力,以进一步开拓日本的农产品市场和增加中国的农产品出口额,对中国农产品具有重要意义。为更全面地分析中国对日本农产品出口波动的影响因素,本文将从农产品的总量、七大类农产品以及五种主要农产品三方面来分析农产品贸易额的波动,同时分析了农产品的TII指数、RCA指数以及市场占有率指数。把2002—2016年整个时间跨度分为四个阶段,利用恒定市场份额模型(CMS)对中国农产品出口波动的影响因素从总量、分类及五种主要农产品三方面进行研究,探讨CMS模型分解中的结构效应和竞争力效应对我国农产品出口至日本的影响,最后分析得出相关结论。本文研究发现,近几年来,中国对日本的农产品出口额呈下降趋势,但是大部分年份的出口额都在100亿美元以上;在贸易结构方面,我国在劳动密集型农产品上具有优势,但在土地密集型农产品上具有劣势;在实证方面,综合分析得出,中国对日本农产品的出口额受日本对世界农产品需求的影响越来越大,我国对日本出口的农产品在日本农产品市场上有竞争优势,但是优势并不明显,最后整理出四条相关结论,并提出了五条相关政策建议,分别为积极推进中日韩FTA建设、积极开拓新市场、注重食品安全及提高农产品质量、创建信息交流平台及优化出口结构、加大农业投入及提供金融服务。