内部控制是公司内部建立并实施的对各项经济活动进行系统监督检查和调整的制约机制或自律系统,目的是为保证公司运营管理的合法性与合规性,确保公司财产完整安全,保障会计数据等经营信息的及时性、真实性和完整性,不断提升公司运营效能。工程项目属于一种自行或委托承包活动,它以建筑物或构筑物为目标产出物,需要支付一定的费用、按照一定的程序、在一定的时间内完成,并应符合质量要求。重大工程项目通常能较好的体现企业发展战略规划,是提升企业生产效能以及促进企业持续发展的重要支撑。本文以ZP路桥公司为研究对象,该公司作为工程建设方,制定了较为全面的工程项目内部控制制度,但是在运行中仍存在一定的缺陷,ZP路桥公司需要强化管理与完善公司工程项目内部控制业务流程,提高运行的有效性,加强内部监督。本文首先对工程项目内控理论进行了介绍,并对ZP路桥公司的整体概况和当前工程项目情况进行介绍,其次运用层次分析法和模糊综合评价法得出了调查问卷结果,分析了ZP路桥公司在建设工程项目过程中内部控制系统运行存在的具体问题及其成因。再次,针对公司工程项目内部控制制度运行存在的问题,优化设计流程,明确关键控制点。最后,为了保障优化的流程能够顺利的实施,提出建立全方位控制环境、优化项目风险管理、规范信息沟通的渠道和监督机制严密规范的四个保障措施。