林麝（Moschus berezovskii）是我国国家一级保护濒危野生动物,圈养林麝肠道寄生虫病是其重要的群发性疾病之一,引起圈养林麝的饲料利用率降低,生长速度下降,生产性能降低,麝香产能下降,严重可导致圈养林麝肺、胃肠道出血,出现炎症,从而引起圈养林麝死亡,给人工养麝业造成严重的经济损失。为了解四川省理县、茂县、马尔康市、都江堰市、汉源县、泸定县和陕西省渭南市圈养林麝的肠道寄生虫病的感染情况,本研究通过对四川省和陕西省7个地区圈养林麝主要肠道寄生虫的感染种类和感染强度进行检测;并运用巢氏PCR和常规PCR方法通过18S r RNA基因序列分析鉴定球虫、类圆线虫虫卵或卵囊。本研究对川陕共7个地区圈养林麝肠道主要寄生虫的感染情况的调查和鉴定结果,将为圈养林麝肠道寄生虫病防控工作提供基础数据和科学依据。主要试验结果如下:1.7个地区圈养林麝肠道寄生虫感染情况调查:为了解川陕7个地区圈养林麝肠道寄生虫的感染情况,本研究对四川省理县、茂县、马尔康市、都江堰市、汉源县、泸定县和陕西省渭南市的7个林麝养殖场进行调查,采用饱和食盐水漂浮法对圈养林麝新鲜粪便样品进行检测,并采用麦克马斯特氏法（Mc Master’s method）进行虫卵计数,最后利用SPSS软件对检测结果进行统计学分析。结果表明:在采集的328份样品中共检测出6种类型的肠道寄生虫虫卵,总感染率为64.33%,其中以寄生虫单一感染为主;混合感染寄生虫的感染率并不高（14.63%）;主要以艾美耳球虫（Eimeria sp.）（60.37%）和毛首线虫（Trichuris sp.）（12.20%）为主要感染肠道寄生虫种类,其余种类肠道寄生虫感染率为0.91%～3.35%,虫卵计数发现每克圈养林麝新鲜粪便虫卵数或卵囊数（EPG或OPG）最高值为9.86×104（艾美耳球虫卵囊）。经统计分析结果:理县感染率为59.26%、茂县感染率为61.54%、马尔康市感染率为93.88%、都江堰市感染率为65.45%、汉源县感染率为51.22%、泸定县感染率为63.89%和渭南市感染率为51.22%,马尔康市圈养林麝肠道寄生虫感染率明显高于其他6个地区,其在7个地区中差异极显著。结果表明7个地区圈养林麝肠道寄生虫感染种类较多、感染率较高,应加强寄生虫病的综合防控和治疗措施。2.圈养林麝肠道寄生虫的分子鉴定:为了解川陕7个地区圈养林麝感染肠道寄生虫种类的具体情况,本研究利用分子寄生虫学方法对7个地区圈养林麝艾美耳球虫、类圆线虫阳性粪便样品的虫卵或卵囊进行虫种鉴定。通过提取7个地区圈养林麝虫卵或卵囊的DNA,采用巢氏PCR或常规PCR技术分别扩增艾美耳球虫和类圆线虫18S r RNA基因片段进行分子鉴定,并对所得虫种序列进行序列和种群遗传进化分析。结果显示:（1）艾美耳球虫18S r RNA基因运用巢氏PCR扩增出的片段大小均为797～822 bp,34种类型18S r RNA基因序列相似性为90.5%～100%,茂县（MX1-7）的相似性为96.8%～99.0%、都江堰市（DJY1-5）的相似性为95.0%～96.8%、马尔康市（MEK1-8）的相似性为96.1%～99.5%、理县（LX1-3）的相似性为95.2%～97.0%、泸定县（LD1-2）的相似性为92.6%、汉源县（HY1-3）的相似性为95.1%～100%、陕西渭南市（SX1-6）的相似性为98.8%～99.0%;基于艾美耳球虫18S r RNA基因序列构建的系统进化树,结果表明寄生于圈养林麝内的球虫鉴定为艾美耳球虫。（2）类圆线虫18S r RNA基因运用常规PCR扩增出的片段大小均为360 bp,6份圈养林麝粪便样品中类圆线虫18S r RNA基因序列完全一致,经序列分析比对与多株不同地域和宿主动物源的乳突类圆线虫18S r RNA基因序列相似性为95.4%～99.0%;基于18S r RNA基因序列构建的系统进化树可以看出本研究得到的类圆线虫18S r RNA基因序列与NCBI上公布的乳突类圆线虫聚类在同一支上;因此,6份圈养林麝类圆线虫虫卵样品鉴定为乳突类圆线虫。综上所述,本研究完成7个地区圈养林麝肠道寄生虫感染情况调查。同时成功的鉴定了7个地区圈养林麝粪便样品中检测出的艾美耳球虫和类圆线虫。