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华中五味子(Schisandra sphenanthera Rehd. et Wils)是五味子科多年生拇指藤本植物,我国传统中药材,使用历史悠久,最早的记载可追溯到《神农本草经》,书中将其列为上品。华中五味子的干燥果实俗称“南五味子”,具有收敛固涩、益气生津、宁心安神功效,在我国传统中医学中,通常被作为重要的滋补药和镇静剂。现代药理学研究表明华中五味子在抑制血小板聚集、降低谷丙转氨酶水平,缓解肝损伤、抑制中枢神经系统、保护心脑血管系统等方面具有显著疗效。目前,关于华中五味子的研究多集中在栽培技术,化学成分,药理作用,提取工艺等方面,而关于华中五味子的生物学基础研究相对滞后却相对较少,严重影响华中五味子新品种的培育、关键基因资源的挖掘和次生代谢机理等研究的进一步发展。所以迅速提升华中五味子的研究水平显得迫在眉睫。随着新一代高通量测序技术的日臻完善和成熟,以及分子生物学和生物信息学的不断交叉和深入发展,RNA测序(RNA-seq)已逐渐取代了传统的测序方法,成为当今基因表达和转录组分析的主流测序手段,极大地加快了转录组研究进程。为此,本研究以野外采集的华中五味子(Schisandra sphenanthera Rehd. et Wils)根、枝、叶三部分组织器官为试验材料,采用第二代测序方法中的Illumina HiSeqTM 2000测序技术对华中五味子的转录组进行测序,对测序结果进行了系统的生物信息学分析,为今后华中五味子在基因组学和分子生物学研究领域的发展打下了坚实的基础。通过研究得到以下主要结论：(1)利用Illumina测序平台对华中五味子3种组织的混合样进行测序研究,最终得到129,951条高质量Unigene序列,平均长度为403 bp。(2)将获得的Unigene与NR、Swiss-Prot、KEGG、COG四个库进行比对发现,分别有14,090、1393、71、131条Unigene序列比对到以上数据库。通过与COG数据库的比对,共有22,972条Unigene获得COG功能注释,将其分为25个功能分类,其中涉及一般功能预测,转录,碳水化合物转运和代谢,翻译、核糖体结构和生物合成,转录、蛋白质转换和修复等功能分类的基因较多。(3)对Unigene进行GO和KEGG代谢通路分析,共有27,971条Unigene得到GO功能注释,被归入到43个GO次级功能分类；共有19,882个Unigene可以分配到275个代谢通路。(4)对测序所得的Unigene进行CDS预测,共获得76,4619个CDS,通过Blastx(evalue<0.00001)比对到公共蛋白数据库获得61,837个CDS,用ESTScan软件预测获得14,624个CDS。(5)通过基因搜索和序列比对,在本次获得的华中五味子转录组数据中,我们共发现147个Unigenes编码参与木脂素合成途径中的14种酶。此外,我们得到1条Unigene (Unigene0023187)和CYP81Q1酶基因同源性最高,1条Unigene (Unigene0079412)和AsTJOMT同源性最高。(6)通过SSR分析,从搜索序列中发现13,427个SSR位点,分布于11,860条unigene中,出现频率为10.33%,分布密度为1/5.52kb。二核苷酸和三核苷酸是最主要的类型,占总数的92.66%,四、五、六核苷酸分别占总数的4.19%、1.96%、1.20%。AG/CT和AAG/CTT分别是二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元,分别占58.22%和7.64%。86.85%的基序长度集中在12-20 bp。