【摘 要】
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在原核生物基因识别领域,目前已有几个比较成熟的计算机程序,但是这些程序并没有解决所有的问题.以张春霆教授提出的DNA序列的Z曲线理论为基础,我们发展了自己的原核生物基因
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在原核生物基因识别领域,目前已有几个比较成熟的计算机程序,但是这些程序并没有解决所有的问题.以张春霆教授提出的DNA序列的Z曲线理论为基础,我们发展了自己的原核生物基因识别程序——ZCURVE1.0.ZCURVE1.0程序由种子ORFs的选取、建立模型和训练Fisher系数、对所有ORFs进行判别、检查重叠0RFs和确定起始位点等五部分组成.其中用到的9维超球选取种子ORFs的方法和逐步进行、多次迭代排除重叠误判的方法都是在该论文中首次提出的.通过与GenBank中注释的基因对比,ZCURVE1.0的准确率要优于目前在国际上被广泛使用的Glimmer2.02程序.除了ZCURVE1.0基因识别程序的开发,该文还对完全测序的细菌、古细菌基因组进行了分析,对基因起始位点进行了分析,对基因起始位点进行了预测.主要包括以下内容:(1)利用两种不同方法对195个大肠杆菌基因的起始位点进行了识别,并取得了初步的效果;(2)分析了霍乱弧菌基因组内蛋白质编码基因第二密码子位的碱基频率,结果发现它和所编码蛋白质的功能具有很强的联系.
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