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三叶蹄蝠(Aselliscusstoliczkanus)隶属于小蝙蝠亚目蹄蝠科三叶蹄蝠属，国外主要分布于东南亚和南洋诸岛，国内主要分布于江西、广西、贵州、云南等地，多栖息于亚热带以及热带岩洞。近年来，人类活动对其栖息地的破坏日益严重，加上人们对野生动物资源保护意识的淡薄，三叶蹄蝠的种群数量越来越少。为了弄清该物种的遗传多样性现状，为三叶蹄蝠的科学管理和有效保护提供理论依据。本研究利用微卫星分子生物学方法对云南省内4个地区（大理、临沧、楚雄、普洱）的三叶蹄蝠群体，共计93个体进行了遗传分析，探讨了它们在群体内、群体间的遗传变异。主要研究结果如下:
1.从GenBank上发布的大蹄蝠和普氏蹄蝠微卫星位点中筛选出5个位点，对4个三叶蹄蝠群体进行遗传多样性分析，共发现等位基因23个，平均每个位点检测到4.60个等位基因。其中BSP07位点检测到的等位基因数目最多，为7个;其次是BSP03位点，为5个等位基因。等位基因数目最少的位点为BSP10位点，检测到3个等位基因。
2.以等位基因频率为基础，得出各种群的观察杂合度在0.1481～0.4800之间，均低于期望杂合度。群体内部等位基因纯合程度高，杂合度较低。
3.多态信息含量(PIC)的统计结果发现，除BSP10位点的PIC最大值0.3888小于0.5，为中度多态性位点，其余4个位点均大于0.5，为高度多态位点。在4个群体中，大理种群的PIC最高，为0.5012;楚雄群体的PIC最低，为0.1768。
4.各微卫星位点的平均有效等位基因数在1.4224～3.1288之间．除BSP01位点的平均固定指数小于零外，其他位点的值均大于零，表明4个群体中等位基因分布不均，存在杂合子缺失现象。
5.使用卡方检验对各位点的基因频率是否符合哈代—温伯格平衡进行检测，结果发现，除BSP01位点在4个种群中均处于哈代—温伯格平衡状态(P＞0.05)外，其余位点在多数种群中都不同程度的偏离哈代—温伯格平衡。
6.F统计量的分析表明:各位点在群体内的近交系数(Fis)的范围在-0.1030到0.5464之间，平均为0.2924，可见群体内有近交现象发生。群体间的基因分化系数(Fst)的范围在0.0451到0.1320之间，平均为0.1020，表明群体间的遗传变异占总遗传变异的10.2％,不同群体间有一定程度的遗传分化。
7.计算Nei氏标准遗传距离，采用UPGMA法进行聚类分析。结果显示:大理种群与普洱种群的遗传距离最大，为0.1764，表明两者之间的亲缘关系较远，这与它们的地理分布情况也是一致的。大理种群和临沧种群聚为一类，楚雄种群和普洱种群聚为一类，然后两大分支再聚在一起。
综上所述，本研究所选的5个微卫星位点在各个种群中都扩增出了相应的等位基因条带，均具有较好的遗传多态性，可反映三叶蹄蝠群体的遗传学状况。对四个种群的遗传分析发现，各种群的杂合度和多态信息含量都较低，都存在着杂合子缺失现象，等位基因纯合程度高，群体内有近交发生，遗传多样性较差。F统计量和Nei氏遗传距离的结果显示，各群体间有中等程度的遗传分化。