目前，我国经济仍然面临着金融危机的“外患”（贸易保护主义抬头、经济二次触底）和低碳战争（碳经济、碳交易、碳关税）的压力，经济发展处在剧烈变革的“十字路口”；经济发展“内忧”急剧凸现，内在矛盾突然显性化，转变经济增长方式已刻不容缓推进高新技术产业发展势在必行。由此，本文引入复杂性理论，抓住高新技术产业自主创新的关键——“产业链创新”，试图通过“催化”和“涌现”，把高新技术产业自主创新研究融入到经济增长方式转变、新型工业化道路探索等当中。　　首先，着重对论文主体概念及所用基础理论进行介绍，从不同视角对复杂性理论、产业链等相关概念进行了综述；对国内外关于理论的研究进展情况进行了分析，明晰了本文的研究范围与领域；同时在对复杂性理论下产业链创新相关理论研究基础上，提出了本文研究的理论框架，为全文研究打下坚实的理论基础。　　其次，本研究在调查研究、理论继承发展的基础上，提出了以产业链为核心的创新理论。产业链创新理论揭示创新的本质，预示产业结构变革新趋势，诠释市场经济游戏新规则。通过产业链创新，培育和发展一批高一级的新主导产业，突破带动经济增长，转变经济发展方式，探索新型工业化道路。　　再次，本文通过传导机制，基于我国高新技术产业发展和创新现状，把握世界产业发展趋势，遵循产业链创新能力的影响因素及指标体系设计的目标和原则，以产业链创新为理论基础，围绕“制度引致—突破重点—支撑引领—跨越发展”的逻辑轴线，编制了我国高新技术产业自主创新能力评价体系。　　最后，在指标体系考核的基础上，从系统论角度，揭示产业链创新作为一种复杂系统的演化过程，按照最小熵理原理对产业链涌现临界点进行了判定；借鉴生命周期理论，从系统和价值两个角度对产业链创新阶段进行划分，采用逻辑斯特模型对1991-2010年的高新技术产业产值进行分析，并根据其参数估计法对我国高新技术产业创新的轨迹进行判断；深入研究了产业链创新的瓶颈突破、涌现模式和路径。　　本文抓住最具关键性的“产业链创新催化与涌现”这一核心理论，预期开创性地提出自主创新模型和编制评价体系，这是针对以往的经济增长方式和工业发展道路的重大转换，不论从企业竞争目标和产业发展方向，还是从中国发展战略和世界经济发展趋势的角度来看，该研究既具有时代性，又具有前瞻性。这不仅极大推进高新技术产业的自身研究，而且必将加速创新型国家理论探索。