内含子是真核生物的最大特征之一，关于真核生物中内含子的丢失机制和内含子的大小进化一直以来存在很大争论。 我们通过系统深入的比较和分析多个有代表性的真核生物基因组中的外显子长度分布、内含子大小、位置和密度分布等特征，探究各种不同的进化力量在基因组的内含子进化中的作用。结果表明：(1)基因组之间的外显子的长度分布非常相似，反映了外显子强烈的功能保守性；(2)内含子的长度在促使内含子变短和维持内含子长度的两种进化力量的作用成双峰分布，物种间的双峰差异表明了不同物种中两种进化力量的作用差异；(3)内含子的密度分布反映了物种特异的内含子丢失程度。我们进一步发现论证了内含子大小和位置在所有基因组中都成负相关，超大内含子的数目也从基因的5’端到3’端逐渐下降，支持了内含子长度和功能的5’位置效应，大内含子的功能保守性对基因中内含子长度进化和分布有很大影响。该研究揭示了内含子进化的物种特异性和物种间的巨大差异性，特别是植物和线虫，在很多方面和其他物种存在不同。 miRNA和snoRNA等非编码RNA基因是近些年来科学研究的热点，真核生物中很多miRNA和snoRNA都分布在内含子中。我们分析了人类和小鼠基因组中miRNA和snoRNA在内含子中的分布，比较了两类内含子和其他内含子的大小和长度差异，分析了含有miRNA和snoRNA的基因的功能分类和基因表达，揭示了ncRNA和其母基因的功能关系。我们发现人类和小鼠中的含有miRNA的内含子的长度比基因组内其他内含子要大很多，含有miRNA和snoRNA的内含子也比起母基因内的其他内含子要大。这种规律说明这些内含子受到了内含子中的RNA基因的功能造成的负选择作用。内含子的长度和位置差异和miRNA和snoRNA基因本身的进化紧密相关。含有miRNA的内含子和其他内含相比更偏向基因的5’端，miRNA的这种分布有利于内含子中的miRNA共用母基因5’端的调控元件，是miRNA和母基因共调控的结果。关于miRNA和snoRNA母基因的基因功能分类和表达分析显示了内含子中的ncRNA和母基因的功能相关性，含有miRNA的基因的组织表达特征也在一定程度上反映了miRNA的组织特异性。该研究将有助于理解非编码RNA的生物合成和进化。