【摘 要】
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目的:基于生物信息学方法寻找与胃癌发生、发展密切相关的基因,并初步探究关键基因与幽门螺杆菌感染的关系。方法:研究一:在基因综合表达数据库中下载胃癌相关的数据集,然后采用R软件挖掘胃癌的上调差异表达基因;使用生物信息学方法对差异基因进行基因本体论功能富集分析、京都基因与基因组百科全书通路富集分析和生存分析等,寻找胃癌发生、发展的关键基因;收集胃癌及癌旁组织,采用免疫组织化学实验分析关键基因的表达情况
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目的:基于生物信息学方法寻找与胃癌发生、发展密切相关的基因,并初步探究关键基因与幽门螺杆菌感染的关系。方法:研究一:在基因综合表达数据库中下载胃癌相关的数据集,然后采用R软件挖掘胃癌的上调差异表达基因;使用生物信息学方法对差异基因进行基因本体论功能富集分析、京都基因与基因组百科全书通路富集分析和生存分析等,寻找胃癌发生、发展的关键基因;收集胃癌及癌旁组织,采用免疫组织化学实验分析关键基因的表达情况。研究二:收集受试者的血液样本以及幽门螺杆菌感染状态、体重指数(Body Mass Index,BMI)、低密度脂蛋白(low density lipoproten,LDL)和载脂蛋白 B(apolipoprotein B,APOB)等临床资料;采用酶联免疫吸附实验测定血清SERPINE1蛋白的水平;采用Spearman相关性分析、趋势卡方检验评估血清SERPINE1蛋白水平与临床资料的相关性;采用Logistic回归分析评估临床资料与幽门螺杆菌感染的关系;采用受试者工作特征曲线分析血清SERPINE1蛋白对幽门螺杆菌感染的诊断价值。结果:研究一:基于生物信息学方法发现SERPINE1基因在胃癌组织中高表达,并与胃癌的不良预后密切相关;免疫组织化学实验证实SERPINE1蛋白在胃癌组织的表达高于癌旁(χ2=43.05,P<0.005)。研究二:幽门螺杆菌阳性组血清SERPINE1蛋白水平高于阴性组(P<0.001);血清SERPINE1蛋白水平与幽门螺杆菌感染状态、BMI、LDL、APOB水平密切相关(P<0.001);受试者的血清SERPINE1蛋白水平越高,其幽门螺杆菌感染率越高(P<0.001);Logistic回归分析发现BMI、SERPINE1、LDL和APOB四个变量与幽门螺杆菌感染显著相关(P<0.001);血清SERPINE1蛋白水平诊断幽门螺杆菌感染的受试者工作特征曲线下面积为0.906,预测最佳截点为6.49ng/ml,此时灵敏度84.4%,特异度83.3%,约登指数0.677。结论:研究一:SERPINE1基因被初步证实为胃癌潜在的诊断、治疗及预后评价生物标志物。研究二:幽门螺杆菌可能通过激活SERPINE1介导的致癌途径促进胃癌进展;高血清SERPINE1蛋白水平有望成为幽门螺杆菌根除适应症之一;幽门螺杆菌感染可能导致血脂代谢紊乱;SERPINE1蛋白可能参与了血脂代谢的调控。
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