日本脑炎(Japanese Encephalitis，JE)主要流行于亚太地区，我国也是JE的流行区。据WHO统计，全球每年大约有6.8万JE临床病例，其中大约50％发生在我国大陆。JE的病原体是日本脑炎病毒(Japanese Encephalitis virus，JEV)。JEV是一种蚊媒病毒，主要通过三带喙库蚊传播，猪以及鹭科水鸟是其主要的增殖宿主。JEV只有一个血清型，但可划分为5个基因型(Genotype)。在21世纪以前，JEV的优势毒株是GⅢ株，研究发现，本世纪分离到的JEV毒株中GⅠ株越来越多。印度、韩国、日本、越南以及我国台湾地区等地都已经有了系统报道，证实GⅠ株已经取代了GⅢ株，成为当地如今的优势流行株，表明上述各地均已发生了JEV优势基因型转换。我国大陆的很多地区也已经分离到了GⅠJEV，其中一株来源于接种过GⅢJE弱毒苗的男孩。JE作为一种人畜共患病，GⅠJEV的入侵以及优势基因型转换所带来的公共卫生风险并未得到科学的评估，我国猪群中JEV优势基因型的分布情况尚且不知，优势基因型转换的机制仍有待解析。　　本研究依据文献报道，建立了一种区分GⅠ/ⅢJEV感染的抗体夹心ELISA方法。对2016年采集于我国内蒙古自治区、广西壮族自治区、江苏省以及新疆维吾尔自治区等12个省市共计2232份猪（均未免疫JE疫苗）血清进行检测，结果显示上述地区全年的JEV抗体阳性率为28.1％-59.5％不等。我国南方地区全年JEV抗体阳性率相对较高，如广东省的JEV抗体阳性率高达59.5％，湖南省的抗体阳性率可至53.2％，而位于西北的新疆维吾尔自治区的猪群中JEV抗体阳性率仅为28.3％。进一步统计发现，上述各地样品中GⅠ/Ⅲ之间的数量比值在1.3-2.8之间。其中青海省的比值最高，为2.8;湖南省、江苏省以及内蒙古自治区的比值最低，为1.3。本次调查发现上述各地的GⅠ/Ⅲ样品数量比值均高于1，表明我国大部分地区现均以GⅠJEV流行为主。　　为了阐明优势基因型转换的可能机制，我们对采样地区的气候、经、纬度等一系列生态信息进行了统计、分析。结果发现优势基因型的分布与我国气候分布并无明显相关性。为了探寻JEV优势基因型转换是否与病毒的宿主嗜性有关，我们绘制了本实验室现今分离保存的7株JEV(3株GⅠ，4株GⅢ)在不同宿主细胞上的多步生长曲线。结果发现G/ⅢJEV在C6/36(蚊源)和PIEC(猪源)细胞上并未表现出明显的差异，但在DF-1（禽源）细胞上，GⅠJEV较GⅢJEV表现出明显的复制优势。为了进一步验证实验结果，我们以2-3日龄的雏麻鸭为模式动物，选用6株JEV(3株GⅠ，3株GⅢ)对雏鸭进行实验室感染，然后检测鸭子体内的病毒血症水平。结果显示GⅠJEV较GⅢJEV在鸭子体内可产生滴度更高、持续时间更长的病毒血症。该现象有利于蚊子更易吸食到含有JEV的血液，从而将JEV传播给其它易感宿主，以造成更大范围感染，促进GⅠJEV在自然界的传播。　　本研究从血清流行病学的角度揭示了我国猪群中以GⅠJEV流行为主，证实优势毒株的分布与我国的气候分布无明显直接联系。水禽作为JEV传播过程中的一个增殖宿主，在病毒传播中发挥着重大作用。本研究发现了GⅠJEV在雏鸭体内可发展成较高滴度的病毒血症，推测这将有利于GⅠJEV在自然界的传播。总之，该结果可在一定程度上解析JEV优势基因型转换的机制，为JEV优势基因型转换所产生的潜在公共卫生风险分析提供了基础数据，为JE的防控提供了支撑。