高寒草甸雀形目鸟类子代性别鉴定和微卫星引物筛选及应用

来源 :中国科学院大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:szneptune
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已有的雀形目鸟类种群生态学的研究表明,性比和婚配制度是影响种群动态和稳定的最重要因素之一。因此,鉴定性别和婚配制度对雀形目鸟类来说,是一个基础工作且非常重要。但在实际工作中,由于生存在高寒雀形目鸟类,大多数都是单态型鸟类,难以鉴别,特别对幼鸟的性别鉴别更是困难。目前,成熟的分子生物学研究手段和技术方法,为这些问题提供了解决方法。本文旨在建立高寒草甸雀形目鸟类子代性别鉴定和同胞关系鉴定的方法。本研究主要内容包括:  ⑴通过运用已有的引物P2/P8、2550F/2718R来鉴别高寒草甸几种常见雀形目鸟类的性别,结果显示准确率为零,无法实现鉴别。因此本文通过优化P2/P8引物,设计出一对性别鉴定新引物IntP2/IntP8,并利用IntP2/IntP8对已知性别的小云雀样本进行PCR扩增,用凝胶成像仪进行拍照记录结果,雌性两条带,雄性一条带,能够准确检测出性别。随后运用此对引用对中国科学院西北高原生物研究所张晓爱及赵亮课题组样本库中小云雀(Alauda gulgula)长嘴百灵(Melanocorypha maxima)、蒙古百灵(Melanocorypha mongolica)、短趾百灵(Calandrella cheleensis)、细嘴沙百灵(Calandrella acutirostris)、凤头百灵(Galeridacristata)、角百灵(Eremophila alpestris)、黄头鹡鸰(Motacilla citreola)、白鹡鸰(Motacillaalba)、地山雀(Pseudopodoces humilis)共10个物种进行了性别鉴定,成功率为100%。  ⑵运用转录组方法筛选小云雀微卫星,得到6对具有高度多态性的微卫星,在6个微卫星座位上共获得55个等位基因,其中48716座位和43583座位最多(都是13个),50572座位最少(6个),平均每个座位的等位基因为9.16个,6个微卫星座位上的遗传杂合度在0.7310.962,平均杂合度为0.904,6个微卫星座位的多态信息含量(PIC)在0.624-0.882,平均多态信息含量为0.768。  ⑶通过colony软件,计算了小云雀子代的同胞关系,在Prob(Exc.)和Prob(Inc.)基础上认定全同胞关系概率,Prob(Exc.)=0.9392,11、1-2、1-3被认定为全同胞关系;Prob(Exc.)=0.9004,2-1、4-3被认定为全同胞关系;Prob(Exc.)=0.8962,5-1、5-3被认定为全同胞关系;Prob(Exc.)=0.9309,5-2、5-4被认定为全同胞关系;Prob(Exc.)=0.9349,6-1、6-3被认定为全同胞关系。研究结果初步表明上述引物可用于同胞关系鉴定。  ⑷根据得到的小云雀子代同胞关系的结果,初步判断小云雀存在婚外配或合作繁殖现象,但是由于我们采集样本时,只采到一个亲本,所以由单亲和子代的基因信息分析得到的亲权关系不具备足够的说服力,所以在今后的工作中需采全双亲本,对小云雀亲权关系及婚配制度加以认定。
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