DELLA基因家族在被子植物中的起源与演化关系

来源 :吉首大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:superdai
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
DELLA基因家族作为GRAS转录因子超家族中的一个重要家族,是植物赤霉素信号调控的主要因子。DELLA基因的结构与功能表达,在赤霉素信号传导中作用的分子机理,以及与其它植物激素之间的交互作用的分子机制等方面都进行过较多的研究,但有关整个DELLA基因家族在植物中的起源与进化关系的研究则比较少。本论文基于具有全基因组数据的植物中各主要分支类群的DELLA基因的氨基酸序列,开展它们在被子植物中的起源与演化关系的研究,为深入研究DELLA家族提供有益参考。首先,通过搜索被子植物模式种的全基因序列,进行DELLA基因家族在被子植物中的系统发育框架的初步构建。我们共收集到被子植物11科19个种的DELLA基因的序列,通过系统发育分析发现在被子植物中除蔷薇科苹果的两条序列以外,其它所有被子植物DELLA序列形成支持率为100%的一支,其中双子叶植物发生基因复制形成两个大的分支,并且每支都包含了相应的蔷薇类和菊类两大主要类群,但是不同类的物种所包含的基因的拷贝数的情况不一致。另外发现在被子植物中可能还存在独立的一个孑遗的支系。其次,在前面的系统框架的基础上,结合葡萄科的转录组数据,探讨DELLA基因家族在葡萄科中的拷贝数与系统进化关系,特别是验证在被子植物中是否存在第三支。分析结果表明葡萄科中DELLA基因家族被分为三大支,前两支关系较近,并证实后一支在被子植物中为孑遗的一支。通过Pfam数据库进行结构域的搜索,并使用MEME软件对结构域进行注释,表明在葡萄科中N端的结构域有着明显差异。GROUP1比GROUP2和GROUP3的保守基序缺少了motif 4,11,15,17,18,22的保守位点,这可能是GROUP1在DELLA基因家族中分化较早,而GROUP2和GROUP3在后来的遗传分化发生了较多的氨基酸的突变或功能分化。最后,全面搜集植物全基因组数据库序列,获取所有的DELLA基因家族的氨基酸序列,构建DELLA基因家族在植物中全面的系统进化关系,以及分析其基因基序和保守域变异情况。研究结果表明DELLA基因家族在被子植物起源之前已经开始分化,至少从种子植物开始,出现一次早期的基因复制事件,形成了两个支系,其中被子植物分支I为主要分支,包括了被子植物的各处主要分支,并且在双子植物中发生整体复制分化为两个分支,而被子植物分支II为比较孑遗的支系,只包括了部分被子植物类群。DELLA基因在C端的GRAS结构域具有高度保守性,N端的结构域则在不同分支类群中有很大的差异。
其他文献
笔者主要介绍了如何基于调度场算法将长逻辑表达式解析成表达树,并在在VB.net的TreeView控件上显示,从而实现逻辑关系的可视化。并且,反向地,可以通过编辑逻辑表达树,再由程
列宁非常善于利用图书情报来指导自己的革命理论及实践活动,他的图书情报网络化思想的形成和发展.倾注着他利用图书情报成果的结晶.并对图书情报事业的发展起着重要的指导和推动
狱政思想,是统治者在法律思想的深刻影响下,进行监狱统治所形成的治狱思想,是监狱立法和监狱管理制度制定和实施的重要依据,是监狱管理的主要指导思想。奴隶制的狱政思想,由
介绍冬季鹅育雏的几项要点,探讨鹅育雏棚舍选择、育雏前的准备、育雏过程中温湿度控制、空气质量控制、潮口和开食、疫病防治、雏鹅脱温关键要素。
本研究采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳法检测了115头撒坝猪的血清酯酶多态性,计算了该位点的基因型频率,基因频率以及遗传多样性指数,并用普通方差分析和二因素有互作模型的最小二乘
为能更好解决码头建设后对现有VTS雷达站可能被遮挡的影响分析和在通航安全论证 中又无法对其进行较好的论证和合理的预见,并提供有效的解决方案. 为此,提出了利用航海模拟
针对陕甘宁盆地湖泊三角洲沉积体系,在关键井沉积相分析的基础上,通过研究各沉积微相的测井响应特征,应用多元统计分析方法建立了湖泊三角洲相各种沉积微相的测井识别模式,实
ue*M#’#dkB4##8#”专利申请号:00109“7公开号:1278062申请日:00.06.23公开日:00.12.27申请人地址:(100084川C京市海淀区清华园申请人:清华大学发明人:隋森芳文摘:本发明属于生物技
早期断奶是现代养猪生产中的瓶颈问题。早期断奶易造成仔猪早期断奶综合征,仔猪断奶后会出现采食量下降、生长阻滞和腹泻等一系列症状。引起这些症状的主要原因之一是断奶应
前言SKW 合金公司是为钢铁、铸铁、铝和化工生产铁合金和添加剂的世界范围厂家。SKW 公司及其在德国、英国、加拿大和美国的子公司生产、销售标准合金和特种合金。在美国的