论文部分内容阅读
随着对疾病遗传机制研究的深入，包括单核苷酸多态性和单碱基突变的单碱基变异(SingleNucleotide Variation，SNV)成为当前疾病基因组研究的重要课题。其中，同义变异由于其不改变所编码的氨基酸一直被人们认为是中性的。而近些年来，多方面的研究表明，同义密码子并非以相同频率出现，同时，同义变异的发生可能会对基因的表达过程产生影响，从而改变所编码的蛋白质的结构和功能，最终导致疾病的发生。 针对目前同义变异的研究现状，本文搭建了一个专注于同义变异的在线分析平台pTFSV，该平台基于LAMP的开发环境及PHP下的Yii框架搭建而成。pTFSV集成了一个疾病相关的同义变异数据库，该数据库中包含了来自于NHGRI数据库、NHLBI数据库、PplymiRTS数据库、ClinVar数据库等多个来源的1868条同义变异信息，用户可根据rs号、基因名称或疾病名称进行搜索。此外，pTFSV还提供了一个数据计算的入口，用户可通过输入同义变异的rs号或所在的CDS序列获得该同义变异的基本信息，并计算该同义变异与密码子使用偏性、mRNA二级结构稳定性、翻译效率、功能区域、位点保守性及可变剪接相关的参数。 利用pTFSV，我们以哮喘为研究对象，对哮喘相关的同义变异了进行分析。我们挑选了三个不同的数据集，一是EVE联盟发表的GWAS研究成果中在3个人群或综合分析中p值小于10-5的286个SNP，其中包含2个同义SNP，通过分析可能对翻译过程造成影响;二是7个哮喘易感基因中的153个同义SNP，我们对各个作用机制相关的参数设定阈值，经分析有59个SNP可能通过改变某一参数对基因的表达过程产生影响，从而导致哮喘的发生或发展;三是282个哮喘相关基因中的8024个同义SNP，根据数据集二中设定的阈值，我们发现了2570个可能与哮喘相关的同义SNP，其中有539个至少从两个不同的机制对基因的表达产生影响，这些SNP值得我们进一步探索。 随着人们对同义变异研究的深入，本课题中所搭建的同义变异在线分析平台将逐步完善，从而帮助研究者更深入地了解同义变异对人类疾病的影响，这将会对疾病分子机制的研究有重要意义。