国库集中支付制度是市场经济发达国家普遍采用的一种财政资金支付管理制度。随着社会主义市场经济的发展和公共财政体制的建立，我国传统的财政资金分散支付制度的弊端日益暴露出来，为了改变我国财政资金使用效率低下、监督管理不力、贪污腐败时有发生的局面，借鉴国际经验并结合我国国情进一步完善国库集中支付制度已成为经济发展的必然要求。 2001年国务院确定水利部、财政部等6个有代表性的部门进行试点。2002年试点部门增加到23个，共有612个基层预算单位，486亿元资金纳入国库集中支付范围。2003年实行国库集中支付的部门有82个，2004年扩大到100多个，2005年中央级部门全部实现国库集中支付。地方国库集中支付改革试点工作也在同步进行，北京、上海、安徽、陕西、江苏等省份相继在各个层次的财政部门推行了国库集中支付改革。截至2005年底，已有140多个中央部门进行了试点，33个省(市)级预算单位、200多个地(市)和部分县也实施了国库集中支付制度改革。国库集中支付制度改革试点工作取得了显著成效，不仅改变了资金拨付方式，硬化了预算管理，加强了财政监督，而且在很大程度上提高了我国宏观调控能力，但在国库集中支付改革试点工作中也存在不少问题。 本文以经济学、管理学理论为指导，以我国财政国库集中支付制度改革为主线，采用规范分析和实证分析相结合的方法，在国库集中支付制度基本理论分析的基础上，研究了国外国库集中支付制度及其启示，结合国资委和陕西省、江苏省国库集中支付制度改革运行实践，系统分析了我国国库集中支付制度运行中存在的问题及对策。研究认为，我国国库集中支付制度改革还面临着部门预算与国库集中支付制度改革的衔接、单一账户设置与财政资金运行风险、国库现金余额处理、预算外资金监督管理问题、资金的归垫难以名副其实的问题、财政信息系统滞后和银行资金清算系统的不完善等一系列的问题，要进一步完善我国国库集中支付制度，就必须继续深化部门预算管理体制改革，进一步完善国库单一账户体系，切实加强国库集中支付制度运行机制和配套措施建设。