国家未来的社会产业经济升级发展,离不开科研事业的进步与成就。因此,在我国政府日益加大对高等院校科研资金投入的背景下,国家相关单位对于各高校的科研管理水准要求也逐渐提高。其中,由国家财政拨款支持的科研项目(财政性科研项目),由于资金来源和科研成果公共性的性质和特点,国家对此的管理标准也更为严格。目前,中办、国办于2016年出台了《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见》是我国高等院校对财政科研项目资金的管理方法的主要政策依据。文件对各高校财政性科研项目资金的管理提供了新的依据,并要求高校按照当前政策指引建立健全科研经费的管理体系。虽然,从宏观角度来看国家针对高校科研资金的管理陆续出台了许多法律法规,逐步完善高校科研资金的管理体系,然而从高校实际管理的微观视角上看,高校在落实制度过程中仍暴露出许多问题和风险,直接制约了我国高校科研资金管理水准的提升。内部控制作为当代现代企业和行政事业单位有效的风险管理机制而引入高校管理,对于帮助解决高校科研资金控制存在的现实问题具有建设性意义。因此,本文焦距由财政性科研资金支持的纵向科研项目,从内部控制视角对高校财政性科研项目资金管理现状进行分析和评价,梳理当前存在的问题和风险,并尝试设计出更完善的内部控制管理体系,优化高校对财政性科研项目资金的管理。本文研究对象选取了教育部直属高校A高校,A高校作为教育部直属高校中较早推动高校内部控制建设的学校,具有一定的借鉴意义。文章从分析学校科研业务内部控制现状为起点,以《行政事业单位内部控制规范(试行)》、《教育部直属高校经济活动内部控制》《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见》,等高校科研资金管理和行政事业单位内控建设相关法律法规及管理办法,作为高校科研资金内部控制建设的理论基础和制度设计依据,从单位层面、业务层面、评价监督和信息系统四个维度分析当前学校财政性科研项目资金面临的问题和风险。并对存在的问题进行优化设计,研究构建学校的科研管理内部控制体系的程序和方法。进而提升学校科研管理水平,并为其他高校提供战略性的指导和帮助。本文共分为六个部分,各部分结构及内容如下:第一部分为绪论,包括高校科研经费管理的研究的背景、意义、方法、国内外文献综述及创新点。第二部分为高校财政性科研项目资金管理的相关理论概述,包括高校财政性科研项目资金的概念特点、政策基础和理论基础。第三部分为A高校财政性科研项目资金内部控制管理的现状分析,包括了高校的基本概况,组织架构和管理制度的设计实情况。第四部分为A高校财政性科研项目资金内部控制现存问题分析,单位层面分析了归口管理和职责分工的问题,业务层面从项目立项、项目执行、项目结项、和资金管理四个方面为基础进行了详细分析。第五部分为对策研究,针对A高校提出的内部控制主要问题,提出相应的解决方案。第六部分为本文的结论和启示,从研究个案中总结出更具有普适性的研究意义和启示,以期能够对高校财政性科研项目资金内部控制管理提供借鉴意义。