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本文以三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）定向交配F2代家系为材料，采用生态学性状多元分析，扩增片段长度多态性（Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP）技术对定向交配F2代家系进行形态性状对体重的影响效果及遗传多样性分析。利用微卫星标记（simple sequence repeat，SSR）和AFLP分子标记技术，构建了三疣梭子蟹雌性和雄性遗传连锁图谱。本实验结果以期为三疣梭子蟹育种工作提供理论依据及为进一步构建三疣梭子蟹高密度遗传连锁图谱和数量性状位点（QTL）定位分析奠定了基础。
通过对三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）定向交配F2代家系121个个体5项形态性状的测量，采用相关分析和通径分析方法，计算了以形态性状为自变量对体重作依变量的相关系数、通径系数、决定系数及相关指数，定量地分析了形态性状对体重的影响效果。结果表明，三疣梭子蟹4个形态性状均与体重的相关系数达到极显著水平（P<0.01）；通径分析反应了多元分析中多个自变量与依变量的真实关系。全甲宽、甲宽对体重的通径系数达到显著水平。所选形态性状与体重的复相关指数为R2=0.9041，说明上述性状是影响体重的主要自变量指标；多元回归分析建立了全甲宽（X1）、甲宽（X3）对体重（Y）的回归方程。
以三疣梭子蟹莱州湾、舟山野生群体杂交（莱州湾♀×舟山♂）产生F2代家系63个个体及F1代亲本为实验群体，采用AFLP分子标记对其进行遗传分析。35对选择性引物共扩增出1742个位点，其中分离位点为417个，不分离位点为1325个，多态位点比例为23.9％。在分离位点中，符合1：1孟德尔分离比例的位点为226个，占总分离位点数的54.2％；偏离1：1孟德尔分离比例的位点为31个，占总分离位点数7.4％。符合3：1孟德尔分离比例的位点为128个，占总分离位点数的30.7％；偏离3：1孟德尔分离比例的位点为32个，占总分离位点数的7.7％。家系内基因多样性指数为0.1303，Shannon指数为0.1928。遗传距离分析显示，子代个体与母本Neis遗传距离介于0.0639-0.1113之间，与父本Neis遗传距离介于0.0650-0.1068之间，其中，63号个体与48号个体分别与父、母本亲缘关系最远。本实验中，偏分离位点比例属正常范围，杂交F2代家系遗传多样性偏低。
利用AFLP和SSR标记技术结合拟测交策略，以三疣梭子蟹莱州湾、舟山野生群体杂交（1♂×3♀）产生的F2代家系为作图群体，初步构建了三疣梭子蟹雌、雄性遗传连锁图谱。用经过筛选的60对AFLP引物和3对SSR引物对亲本及108个F2代个体进行遗传分析，共得到母本分离标记214个，其中155个标记（AFLP标记153个，SSR标记2个）符合1：1孟德尔分离规律；父本分离标记195个，139个标记（AFLP标记138个，SSR标记1个）符合1：1孟德尔分离规律。雌性图谱包括100个遗传标记，分布在9个连锁群，6个三联体，15个连锁对，图谱总长度为1544cM，标记平均间隔22.0cM，总覆盖率为52.9％。雄性图谱包括71个遗传标记，分布在6个连锁群，6个三联体，11个连锁对，图谱总长度1174.2cM，标记平均间隔24.0cM总覆盖率为49.5％，图谱中遗传标记分布比较均匀。本研究为进一步构建三疣梭子蟹高密度遗传连锁图谱和数量性状位点（QTL）定位分析奠定了基础。