区域经济系统是一类典型的复杂系统，其内部有较多层次，每一个层次又有其自身的结构。对于这样一个多层次、多要素的复杂系统，如何协调层次之间、要素之间的利益关系，以寻求系统的整体优化就成为区域经济系统研究的重要问题之一。　　 本文分析了国内外关于复杂系统多层局势决策和区域经济系统优化设计的研究现状，以多层局势决策理论为基础，采用定性分析与定量分析相结合，理论研究与实证分析相结合的研究方法，选择有针对性的软件开发工具，开发了多层局势决策支持系统、并应用于我国区域经济系统的优化和结构调整。　　 首先，我们在分析国内外关于复杂系统多层局势决策和区域经济系统优化设计研究现状的基础上，提出将要研究的主要问题，即开发多层局势决策支持系统，并将其应用于区域经济系统的优化设计。然后，我们分析了区域经济系统的复杂性，从综合经济区划的角度对我国区域经济系统的优化问题展开研究。　　 其次，以多层局势决策和决策支持系统(Decision Support.System，DSS)理论为基础，针对区域经济系统的优化设计需要，运用MATLAB的图形用户接口开发环境(Graphic User Interface Development Environment，GUIDE)，开发了多层局势决策支持系统软件（Multi-layer Situation Decision-making Support System，MSDSS）。MSDSS的开发与应用，将为从事复杂系统多层局势决策研究的人员提供计算机辅助决策技术的支持，帮助决策者提高决策效率和质量。　　 最后，根据多层局势决策理论，运用多层局势决策系统软件MSDSS，研究并提出了区域经济系统的优化方法和协调发展的途径。通过实证分析，提出了为使我国区域经济又好又快发展，各综合经济区在发挥其原有经济优势的基础上，进行产业结构优化调整的参考方案，即：在发挥各综合经济区自身优势的基础上，可进行如下调整：优先发展第一产业的综合经济区：大西南经济区、中部地区和西北地区；优先发展第二产业的综合经济区：东南沿海地区和东北地区；优先发展第三产业的综合经济区：长江三角洲及沿江地区、环渤海地区。