比较转录组分析两种真菌消除蓝藻的分子机制

来源 :安徽农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:gabby11
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
蓝藻的爆发会严重影响水体环境和水产养殖业,蓝藻释放的毒素会对水生生物以及人类的健康造成重大威胁。近年来发现了一种新型真菌降解蓝藻模式,菌丝体可以通过包裹藻细胞的方式在短期内消除藻细胞,水体变的澄清透明。但是,对于这种新型的真菌噬藻分子机制仍了解较少。本研究利用两株高效消除蓝藻的真菌云芝F21a(Trametes versicolor)和烟管菌T1(Bjerkandera adusta)为供试菌,对多个消除蓝藻时间段的样品分别进行转录组测序,找到差异基因并进行GO、KEGG富集分析,通过对比分析云芝F21a和烟管菌T1在噬藻过程中起主导作用的关键代谢通路以及主要分解酶基因种类和表达量差异,利用酶活测定和体外添加工业纯品酶对结果加以验证。主要结果如下:1.真菌云芝F21a与蓝藻同培养时,共培养30 h后可以消除几乎所有的蓝藻细胞,而烟管菌T1消除同样量的蓝藻大约需要48 h,再次验证云芝F21a消除蓝藻的能力高于烟管菌T1。云芝F21a与蓝藻共培养样品(实验组)及纯菌膜(对照组)分别选取0 h、6 h、12 h和30 h,烟管菌T1选取0 h、6 h、12 h、24 h和48 h,每个时间段各2个生物学重复共36个样品的真菌菌膜进行转录组测序,获得了大量基因片段序列。2.原始数据经清理后,云芝F21a的clean reads大约有68%-73%可以回帖到参考基因组上,实验组与对照组相比,差异基因的数量随着共培养时间的延长逐渐变多;实验组中,与0 h样品相比,6 h、12 h和30 h分别检测到1091,1038和1019个差异基因,其中,约一半的基因表达上调。烟管菌T1大约有69%-81%可以回帖到参考基因组上;实验组中,相对于0 h样品,6 h、12 h、24 h和48 h分别有444,555,568和647个基因的显著上调,660,817,796和929个基因显著下调。3.GO term富集分析可以看出,两株真菌显著差异的基因基本相似。在分子功能层面,主要与水解、转运、氧化还原等有关;生物过程层面主要与一些海藻糖代谢以及几种氨基酸的生物合成有关;细胞成分层面,主要与有细胞膜、核糖体等有关。KEGG pathway显示云芝真菌的差异基因主要与氨基酸代谢、半乳糖代谢等一些代谢途径以及遗传信息加工有关。烟管菌富集到的代谢途径较少,主要有蔗糖和淀粉代谢、碳代谢等有关。通过富集结果可以看出,真菌通过各种分解酶降解蓝藻细胞的各个成分,经过真菌细胞内的多种代谢途径产生能量及小分子中间产物,然后利用有机酸生物合成代谢、氨基酸的生物合成等合成代谢转变成真菌自身生长发育所需要的化合物。4.云芝基因组经生物信息学分析鉴定出312个水解酶家族的基因,其中,有249个利用转录组可检测到表达。烟管菌的转录组基因注释得到201个CAZymes基因。云芝与烟管菌转录组共有的差异表达的水解酶家族有28个,两株真菌的显著差异的分解酶基因共表达热图都显示葡聚糖酶、葡糖苷酶、蛋白酶等分解酶以及海藻酸裂解酶等表达量较高。云芝真菌酶活测定结果显示实验组中β-葡聚糖和软骨素酶活性明显高于对照组,α-葡糖苷酶活性整体上实验组略高于对照组。5.通过试验观察不同浓度的纤维素酶、果胶酶、β-葡聚糖酶、胃蛋白酶和胰蛋白酶对蓝藻细胞的影响,结果表明,不同的酶消除蓝藻的效果不同,降解需要的时间各不相同,其中,以胃蛋白酶效果最好。综合分析推测,真菌消除蓝藻是一个复杂的过程,需要多种酶协同起作用,纤维素酶、果胶酶、葡聚糖酶、蛋白酶可能在真菌噬藻过程中扮演重要角色。
其他文献
普洱茶因其独特的风味特征受到越来越多的关注,其特有化学物质和健康功效也被广泛研究报道。一般认为,普洱(熟)茶的品质特征形主要形成于渥堆阶段。因此,普洱茶在渥堆过程中化学成分变化具有一定的研究意义。目前,尽管普洱茶的相关研究很多,然而渥堆过程中化学成分的变化却鲜有系统报道。传统渥堆工序对微生物、温、湿度的控制存在较大的不确定性,其品质往往难以保持一致。现代数控发酵能够精确控制发酵过程中的温、湿度、含
鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium,S.T)是一群非适应性或泛嗜性的沙门氏菌,能引起各种家禽和哺乳动物的传染病,也可引起人类感染,在医学、兽医和公共卫生等方面均具有重要意义。沙门氏菌致病性主要与基因组上成簇分布的编码致病相关基因的特定区域,即毒力岛(SPI)相关,其中SPI-1和SPI-2与致病性密切相关。沙门氏菌利用其毒力岛上的三型分泌系统(T3SS)向宿主细胞内分泌一
中国是全球最大的香菇生产国和消费国,产量占世界总产量85%以上,年出口10万吨以上。但现有的香菇产地干制加工技术主要基于传统干燥工艺,干制品存在色泽差、香味淡、菇形不美观等问题,严重影响商品价值。目前对香菇风味的研究主要集中在加工成品的风味,对加工过程中香菇风味的变化规律缺乏系统研究,难以给香菇干制加工提供科学指导。因此,本研究采用高温前处理工艺提高加工制品的品质,开展加工过程中风味物质的变化规律
植物生长进化过程中,受生长环境限制,会受到非生物胁迫的侵害。园艺植物作为经济植物,诸如干旱胁迫、冷胁迫、盐胁迫这些非生物胁迫的迫害会影响到园艺植物的生长发育结果,进而影响到其经济效益的好坏。梨树作为我国种植面积最广,生产量最高的园艺经济植物之一,干旱一直是亟待解决的问题。黄金梨作为广受市场欢迎的一种品种,其本身抗旱能力较弱,更容易受到干旱胁迫问题的侵扰。多年研究成果来看,植物干旱胁迫下的代谢途径已
花青素属于植物的次生(级)代谢物,是构成草莓果实颜色的主要色素,对于形成果实外观品质至关重要。花青素不仅具有十分重要的生物学功能,如可以保护植物自身抵抗低温、紫外线和病虫害等,更有重要的保健和医疗功能。花青素苷一般是在细胞质中合成,而在液泡中贮藏。同时,蔗糖是一种在植物体内广泛存在的初级代谢物,在植物生长和发育过程中具有重要作用。因此,本论文开展花青素和蔗糖在细胞内的转运相关研究,对于阐释花青素和
内吸性农药具有广谱、高效等特点,广泛应用于茶园病虫害防治中,对有害昆虫及病原真菌等具有较好的防治效果。但农药喷施于农作物之后,残留在植物表面的农药会受到自然光解与水解作用而降解,而渗透到植物组织内的部分则可能会被植物代谢产生有毒的代谢产物,目前有关农药的代谢物残留及安全性评价等方面的研究,受到全世界范围内的广泛关注。本文利用吡虫啉和乙酰甲胺磷农药标准化合物光降解、及其在离体茶苗、悬浮细胞代谢进程为
山茶属是山茶科中最大的属,中国是山茶属植物的原始发源地和现代分布中心,分布有该属85%左右的物种,包括茶、油茶和山茶等多个食药用和经济作物。由茶树叶片加工而成的茶叶含有多酚、生物碱、氨基酸、多糖等多种化学成分,茶的降脂功效也被广泛报道。油茶和山茶是山茶属中除了茶以外的主要经济作物,他们的叶片是否和茶叶一样具有相似的生物活性尚不明确。本研究选取山茶属中茶、山茶和油茶三种植物的叶片,利用高热量膳食诱导
毛竹,一种常见的速生竹,有较高的经济价值和生态效益。近几年,随着全球温室效应和人口的急剧增长,导致环境不断恶化,严重影响了毛竹的竹材质量和竹笋产量。为了解决毛竹的干旱问题,我们展开了毛竹抗旱功能基因的研究。本研究首先从毛竹中鉴定出一个受干旱胁迫显著诱导的Phehdz45转录因子,并对其结合特性进行分析,然后通过转基因技术,将其转入水稻中获得过表达株系并进行抗旱功能分析。主要获得了如下研究结果:1.
为研究根际亲和性解磷菌对小麦生长的促进作用及其促生分子机理,本研究选用实验室前期采取选择性培养基和凝集素双重筛选方法从小麦根际筛选的对小麦具有特异亲和性的35株根际解磷菌为材料,通过Hoagland半固体培养基培养、盆栽种植、水培实验,考察菌株促生特性。选取1株促生效果优良的解磷菌株,采用根袋实验追踪其在小麦根际定殖规律及促生能力,利用实时荧光定量PCR技术检测菌株对小麦根系发育相关基因Ta An
茶叶的化学组成决定了其相应的生物活性,影响茶叶化学成分的因素众多,其中茶叶的加工工艺是判断六大茶类的主要依据,也是影响其生物活性的重要因素,研究加工工艺对茶叶生物活性的影响具有重要意义。降脂活性是茶叶最重要的生物活性之一,本研究采用同一种鲜叶原料,根据典型茶叶加工工艺制得绿茶、白茶、黄茶、乌龙茶和红茶五种茶类,使用高效液相色谱分析茶叶主要化学成分,进一步利用高热量膳食诱导C57BL/6肥胖小鼠模型