近年来,随着我国产业结构调整的不断深化,高新技术企业越来越受到国家的重视。今年两会期间,鼓励科技创新更是得到了代表们的热议,温家宝总理也多次在政府工作报告中强调大力发展科学技术,鼓励自主创新,建设创新型国家。由此可见,发展高新技术企业已经成为我国产业结构调整的主要工作。而对于高新技术企业来说,如何投入、投入多少可以使其效果最好等问题都涉及到绩效评价,因此,如何客观、科学地评价高新技术企业的绩效已成为目前学者和企业管理者讨论的热门话题。考虑到高新技术企业的高投入、高创新、高风险等特点,就要为其设计一套与传统企业不同的绩效评价体系,以期在一定程度上更加符合高新技术企业的特点,更好地适应其绩效评价的要求,力求科学、全面、客观地评价高新技术企业绩效。本文的主体研究分为三个部分。第一部分通过系统理论、权变理论、利益相关者理论以及控制理论的分析,构筑了企业绩效评价的理论基础,同时,归纳阐述了企业绩效评价的标准,为本文的研究提供了必要的理论铺垫和分析前提；第二部分是文章研究的重点,在绩效评价的相关理论基础上,通过对我国高新技术企业特点、现行高新技术企业的绩效评价指标及其弊端的综合分析,并结合构建绩效评价指标体系应遵循的原则,设计了绩效评价指标,提出了适合于我国高新技术企业且具有可操作性的绩效评价指标体系；第三部分对我国高新技术企业绩效评价体系进行实证分析。在上一部分构建的绩效评价指标体系的基础上,以我国68家高新技术企业上市公司为研究样本,采用主成分分析方法构建绩效评价体系。本文通过对绩效评价体系的分析,得出研究开发在高新技术企业绩效中有很重要的作用,同时,研究阶段和开发阶段的投入对企业绩效的影响不同,相比之下,研究阶段的投入更为重要,基于此分析,笔者建议高新技术企业应重视研究阶段的投入,即在可行性论证后,依据自身经济实力加大研究阶段的投入,提高研发创新能力和企业整体绩效,增强企业的竞争力,促进企业长期可持续发展。