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蛋白质这一大分子作为生命体的组成单元,完整而正确的一级肽链结构和确定的三维折叠结构是其正常行使功能的基础。蛋白质的结构和翻译后修饰发生变化通常会与一些疾病相关联。除蛋白质自身的序列因素外,翻译后修饰是影响蛋白质结构最重要的因素。而糖基化修饰又是其中最为常见的一类。糖基化修饰存在多个可能的位点且糖链的结构复杂多变。为了更准确地研究糖基化对蛋白质结构的影响,我们必须以特定位点均一修饰的蛋白作为研究对象。天然提取的蛋白很难达到要求。人工合成方法获得复杂的修饰蛋白也存在一定难度,但合成蛋白序列明确、修饰可控,能为研究者提供准确的研究模型。如何完成困难序列的合成、开发新的合成方法和策略都是合成蛋白领域亟待解决的问题。本论文以疾病相关的糖肽和糖蛋白为研究对象,采用多肽固相合成、蛋白表达和自然化学连接（NCL）等多种方法,探讨了困难糖基化多肽的合成方法和蛋白合成策略选择等问题。首先我们合成了基于MUC1蛋白重复可变序列的糖肽。此种糖肽具有一定的免疫原性和特异性,我们将其与具有免疫刺激功能的Toll样受体配体Pam3CysSerLys4共价连接,合成了一系列的糖肽肿瘤相关疫苗。发现了糖基化位点会对糖肽疫苗的免疫活性的产生影响,而TLR2配体分子的手性影响不大。此外我们探索了糖基化修饰的鼠源Prion蛋白的合成方法和策略。Prion蛋白本身性质特殊结构不稳定,容易形成疏水性的沉淀和聚集体,这些问题给相关蛋白和多肽的合成与纯化带来了很大的困难。本文以鼠源Prion中重要的结构域序列90-230为研究目标。为了完成这部分蛋白的合成。首先我们使用生物表达的方法得到了没有任何修饰Prion序列中的90-230部分作为研究合成蛋白参照。同时也获得了用于制备蛋白氮端硫酯的90-177蛋白序列,并在末端引入一个半胱氨酸用于后续硫酯的合成;其次使用了异肽键和主链保护基等方法,克服了易聚集多肽在合成和纯化方面的困难,合成了多条Prion相关多肽和糖肽;最后我们采用三片段和四片段策略,通过自然化学连接方法成功构建了的鼠源Prion中重要的结构域序列90-230。