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辣椒是一类重要的蔬菜和经济作物，重庆常年种植辣椒，种植面积广，品种多，是重庆重要的农业支柱产业之一。近年来辣椒病毒病对重庆辣椒生产造成了严重危害，明确侵染辣椒的病毒种类对辣椒病毒病的防控及抗病品种选育具有重要意义。高通量测序技术相比常规的病毒检测技术具有更快速、广谱和灵敏的特点，近年来已越来越广泛地应用于植物病毒鉴定。为明确侵染重庆辣椒的病毒种类，本研究运用高通量测序技术对重庆辣椒病毒病病原进行了分子鉴定，扩增了主要病毒的全基因组序列并对其进行了分子特征分析。 对采自重庆北碚、石柱、潼南、丰都、铜梁和九龙坡等6个区县的41份辣椒病毒病样品进行了基于小RNA的高通量测序。通过序列拼接和比对，初步鉴定有8种植物病毒侵染重庆辣椒，分别为：黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus，CMV）、蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus2，BBWV-2）、辣椒轻斑驳病毒（Pepper mild mottle virus，PMMoV）、烟草轻型绿花叶病毒（Tobacco mild greenmosaic virus，TMGMV）、辣椒潜隐病毒1号（Pepper cryptic virus1，PCV-1）、辣椒潜隐病毒2号（Pepper cryptic virus2，PCV-2）、辣椒脉斑驳病毒（Chilli veinal mottle virus， ChiVMV）和甜椒脉斑驳病毒（Pepper vein mottle virus，PVMV）。分别设计合成了这8种病毒的特异性引物，通过RT-PCR扩增、克隆和序列分析，明确了8种病毒在重庆辣椒病毒病样品中确实存在。 由于本实验室前期已在辣椒上检出5种病毒：烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus，TMV）、番茄花叶病毒（Tomato mosaic virus，ToMV）、芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus，TuMV）、番茄斑萎病毒（Tomato spotted wilt virus，TSWV）和马铃薯Y病毒（Potato virus Y，PVY），为明确重庆辣椒产区病毒病的发生情况，从重庆北碚、潼南、九龙坡和石柱4个区县采集了29份辣椒病毒病样品，利用以上8种病毒和前期检出的5种病毒的特异性引物，对辣椒样品进行了针对这13种病毒的RT-PCR检测。结果显示，CMV的检出率最高，为89.66％；ChiVMV的检出率次之，为65.52%；TMV和TuMV的检出率分别为51.72%和41.38%，PMMoV、PCV-1和PCV-2的检出率均为37.93%，TMGMV、BBWV-2、PVY和PVMV的检出率分别为31.03%、17.24%、13.79%和10.34%；ToMV的检出率最低，为6.9%，没有检测到TSWV。辣椒上病毒病复合侵染现象普遍，复合侵染率达92.86%；且复合侵染类型多样，主要为“CMV+ChiVMV”、“CMV+TMV”、“ChiVMV+TMV”和“CMV+ChiVMV+TMV”等4种复合侵染类型，其中CMV+ChiVMV检出率最高，检出率为69.23%。 为明确PCV-1、PCV-2和 TMGMV的序列变异情况，对PCV-1、PCV-2和TMGMV进行了基因组（近）全长序列扩增和序列分析。结果表明，扩增到的PCV-1重庆辣椒分离物PCV1-CQ的 RNA1和RNA2核苷酸序列全长分别为1563 nt和1512 nt，其中RNA1核苷酸序列与美国辣椒分离物Jal-01（JN117276）相似性最高，为99.4%，RNA2核苷酸序列与美国辣椒分离物Jal-01（JN117277）相似性最高，为99.3%。扩增获得的PCV-2重庆辣椒分离物PCV2-CQ的RNA1和RNA2近全长序列分别为1245 nt和1487 nt，其中RNA1和RNA2均与韩国苦菜分离物YY（LC195294和LC195295）的相似性最高，分别为99.4%和99.5%。分段扩增了TMGMV-TN29基因组全长序列，经拼接得到TMGMV全基因组序列全长，为6356 nt，序列分析结果表明TMGMV重庆辣椒分离物TMGMV-TN29与厦门辣椒分离物Xiamen（JX534224）基因组具有99.75%的核苷酸序列相似性。基于TMGMV的基因组全长序列的进化聚类分析表明TMGMV-TN29与厦门辣椒分离物Xiamen（JX534224）具有较近的亲缘关系。 本研究利用高通量测序技术借助生物信息学分析，结合RT-PCR技术，对重庆辣椒进行了病毒病病原鉴定，明确了重庆辣椒产区的病原种类及其发生情况。其中，PCV-1和PCV-2在我国属首次报道，PVMV和TMGMV在重庆属首次报道。