国家历来高度重视“三农”问题。“十二五”规划指出：“必须坚持把解决好农业、农村、农民问题作为全党工作重中之重……加大强农惠农力度,夯实农业农村发展基础,提高农业现代化水平和农民生活水平,建设农民幸福生活的美好家园”。随着科学发展、转变经济发展方式等理念广泛深入人心并成为全社会的共识以及绩效意识的普遍提升,效益审计在促进涉农资金管理、使用中的作用日益凸显。效益审计以评价和监督公共资金的经济性、效率性和效果性为目标和内容,是现代审计的主流,已成为多数发达国家政府审计的主要职责,并被广泛认为是控制公共资金开支以及评价政府受托经济责任的一个有效武器。我国对效益审计的研究经历了国外理论的引入、实践探索、构建适合我国国情的效益审计理论体系的阶段。目前,效益审计内容还不够系统完善,评价体系还不健全规范,理论与实践尚未较好地融合,理论对实践的指导性还有待加强。涉农资金效益审计的理论研究和工作实践都还处于起步阶段,与不断增加的农业投入体量所应给予的审计关注和效益评价严重不对称。本论文结合作者十多年的审计工作实践,借鉴国内外效益审计理论成果,以重庆市政府审计为视角,采取演绎推理的方式,从效益审计出发,对效益审计的含义及特征进行了阐释,并由此引出涉农资金效益审计的含义、范围、内容、目标及审计的方式方法。以上述基本理论为铺垫,分析了涉农资金投入规模大、来源渠道多、涉及面广、资金管理部门多、分配链条延伸长等特点和重庆市涉农资金分配、管理、使用的现状,从涉农项目决策失误、管理不善、违规行为三个层面论述了涉农资金管理、使用中存在的问题和影响涉农资金效益的因素,并针对存在的问题,从体制机制、政策执行和违法乱纪、审计监督局限等方面剖析了原因。根据存在的问题及原因分析,提出审计因素外和审计监督两方面的改进对策、措施,并立足审计,着重从营造良好的涉农资金效益审计环境、加强效益审计人才队伍建设、构建涉农资金效益审计评价体系、加强涉农资金效益审计质量控制等四方面详细论述了加强和改进涉农资金效益审计的措施。通过该论文,旨在唤起广大审计理论研究者以及在审计一线的工作人员对涉农资金效益审计的重视。论文结合审计案例,在系统总结、梳理相关审计经验的基础上,归纳、提炼更切合审计实践的涉农资金效益审计思路、方法、评价标准以及相应的审计质量控制措施。