中国浓香型白酒酿造过程属于传统的自然开放式发酵，菌种来源广阔，微生物种类繁多，是典型的多菌种共同参与、边糖化边发酵、生酸生酯同时进行的固态法发酵过程。窖泥作为浓香型白酒窖池的重要组成部分，其微生物种群的构成与窖池发酵及代谢产物的生成有着紧密的联系。此外，窖池不同层面环境因子的差异将会直接导致不同层面窖泥中微生物群落构成与代谢作用的不同，因此，运用微生物生态学理论研究窖池窖泥微生物空间异质性对于理解不同层面窖泥在浓香型白酒发酵过程中的不同作用具有十分重要的意义。近年来，随着生物学技术的发展，利用分子生物学手段全面解析窖泥样品中微生物群落构成及差异已成为研究白酒酿造及窖池生香的重要手段和高效途径。在当前的研究中，分别以浓香型白酒窖池上、中、底层窖泥为研究对象，直接提取窖泥总DNA，分别建立白酒窖池16S rRNA基因文库，并进行序列分析。结果表明：上层窖泥文库包含83个细菌重组克隆子和79个古细菌重组克隆子；中层文库包含131个细菌重组克隆子和108个古细菌重组克隆子；底层文库包含101个细菌重组克隆子和85个古细菌重组克隆子。序列分析表明：窖池不同空间位置窖泥细菌群落的构成及数量具有较大的差异性。其中Clostridium diolis和Lactobacillus acetotolerans为各层窖泥中的主要优势菌群。在上、中、底层窖泥中，Clostridium diolis和Lactobacillus acetotolerans所占比列分别为34.9%和39.8%、25.2%和20.6%、23.8%和36.6%。在中层窖泥中Bacillus subtilis subsp. subtilis也是优势菌群之一，占22.1%；窖泥中古细菌群落主要由Methanoculleus属和Methanosarcina属的古细菌构成。其中，Methanoculleus bourgensis在上层和底层窖泥中具有显著优势性，分别占各层古细菌的89.9%和88.2%。而在中层窖泥中，主要优势菌群由Methanosarcinasiciliae和Methanoculleus bourgensis共同构成，分别占40.7%和49.1%。系统发育分析显示：窖泥中的细菌主要以杆菌目、梭菌目、肠杆菌目及以TM7phylum sp.为代表的种属分类尚不明确的细菌为主要优势菌群；古细菌主要以甲烷微菌目和甲烷八叠球菌目为主要优势菌群。从各层窖泥微生物的群落构成、数量的差异性，结合生产实践经验分析，不同空间位置窖池生香差异及香味物质的来源不仅与当轮发酵微生物的代谢活动有关，也与糟醅自身性状、黄水等介质的流动、香味物质的长期积累等因素有关。本研究结果对探索中国浓香型白酒窖香风味的形成机理提供了前期的科学依据，对浓香型白酒生产及品质监控具有重要的指导意义。