基于高通量测序筛选心房纤维化中差异表达的miRNA及mRNA

来源 :天津医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:calvinly1989718
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目的:通过高通量测序技术对慢性间歇缺氧心房纤维化模型大鼠及对照组大鼠心房组织进行测序、比较,筛选出心房纤维化相关的显著差异表达的miRNA、m RNA,为心房纤维化的诊治提供潜在的作用靶点。方法:1.将雄性SD大鼠(40只)随机分为慢性间歇缺氧模型组和对照组。通过间歇缺氧舱对模型组大鼠进行缺氧,历时4周。对两组大鼠行心脏超声检查及血流动力学检测,记录相关数据。离取心脏组织,分别留作病理实验及分子实验。通过HE染色、Masson染色、IHC及Western Blot等实验验证模型建立情况。2.使用高通量测序技术对从两组中随机选取的心房样本进行测序,筛选出显著差异表达的miRNA及m RNA。通过绘制火山图、聚类图等展示差异表达的miRNA及m RNA。对显著差异miRNA、m RNA进行GO、KEGG等生物信息学分析以了解其潜在功能,寻找显著差异miRNA、m RNA在心房纤维化中的作用。通过Real-Time PCR技术对筛选出来的部分miRNA进行验证。3.通过Western Blot实验、RT-qPCR检测两组心房组织中wnt2b的表达水平。结果:1.慢性间歇缺氧4周后,两组大鼠体重和心脏重量无显著差异。心脏超声发现慢性间歇缺氧模型组大鼠的左房内径、收缩期左室内径、收缩末左室容积及平均肺动脉压较对照组增加(p<0.05),其余各项收缩期指标(收缩期室间隔厚度、左室后壁厚度、射血分数、短轴缩短率等)明显降低(p<0.05)。舒张期各项相关指标两组间无明显统计学差异(p>0.05)。2.HE染色:慢性间歇缺氧组大鼠心肌细胞排列紊乱,组织间隙大,细胞核大小不一,排列紊乱。Masson染色:与对照组相比,慢性间歇缺氧模型组心房组织中可见大量胶原纤维沉积,胶原分数较对照组升高了216.3%(p<0.001)。IHC及Western blot实验结果显示,模型组大鼠心房肌组织col-1、col-3、CTGF、TGF-β1的蛋白表达水平均较对照组明显增加,分别增加了304.4%(p<0.001),442.5%(p<0.001),220.6%(p=0.01),159.5%(p<0.001)。3.miRNA表达谱:高通量分析结果显示,检测出miRNA共1204条差异表达的基因,其中615条新预测的miRNAs,模型组与对照组相比,具有2倍(|log2FC|>1)以上表达差异的miRNAs有20条,上调的显著差异miRNA有12条,下调的有8条。4.利用生物学软件分析这些显著差异miRNA靶基因及m RNA:GO富集分析显示,显著差异miRNA的靶基因显著富集的生物功能是生物调节、RNA聚合酶对转录的正、反向调控等,富集最显著的细胞组分为细胞质、细胞核、胞浆等;富集最显著分子功能为分子功能、蛋白结合、金属离子结合等;显著差异m RNA显著富集于生物调节、应激反应、细胞、细胞器、细胞膜、结合、催化活性、受体活性(p<0.05)。KEGG分析发现,显著差异miRNA的靶基因主要富集在钙信号通路、T细胞、B细胞受体信号通路等;显著差异m RNA在免疫系统、内分泌系统脂代谢、癌症、心血管疾病、翻译、信号转导、细胞生长和死亡等条目显著富集。5.Real-Time PCR验证结果:从显著差异miRNA中选择显著下调表达的miR-29b-3p与miR-29b-5p进行验证,结果显示两者在间歇缺氧组大鼠心房组织均表达下调(p<0.05),与高通量测序结果一致。6.wnt2b表达情况:慢性间歇缺氧组心房组织中wnt2b转录前后表达水平较对照组均明显增加(p<0.05)。结论:1.通过慢性间歇缺氧成功建立心房纤维化模型;2.应用高通量测序技术筛选对比发现慢性间歇缺氧组大鼠心房组织中有大量差异表达的miRNA、m RNA;3.应用高通量测序技术对慢性间歇缺氧心房纤维化大鼠及对照组大鼠心房组织测序,可为探索心房纤维化的发生机制提供相关上游证据。4.经Real-Time PCR验证,miR-29b-3p与miR-29b-5p表达下调(p<0.05),符合测序结果,提示miR-29可能参与了心房纤维化的发病过程。5.wnt2b的转录及翻译水平在慢性间歇缺氧组心房组织中明显增高,提示wnt2b可能参与了心房纤维化的发生发展过程。6.miR-29可能是通过Wnt信号通路参与调节心房纤维化过程,但仍需进一步实验证实两者间的联系及可能的作用机制。
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