理解真核生物的基因表达调控规律，是了解真核生物发育、分化和病理过程的核心问题，是现在生物学研究中最重要的问题之一。本文结合生物信息学分析和传统实验生物学的方法，研究了神经元限制性沉默因子REST基因的上游转录调控因子。结合序列分析和基因表达谱的分析，预测了YY1对REST基因的表达调控作用。用传统的EMSA实验方法以及共转染转录因子和报告基因的方法，本文证明了YY1是REST的一个上游调控因子。这一结果为理解REST基因的表达调控提供了重要的基础。 已有的知识告诉我们，一个基因的表达调控往往是不同的转录因子组合作用的结果。对基因调控序列的综合突变分析正是一种对基因的转录调控进行系统研究的重要手段。在大多数研究中，人们对综合突变分析方法产生的实验结果进行了简单的定性的解释。这样的定性解释，很难获得对各个转录调控元件在基因转录调控机制中的精确作用，更无法获得一个定量的解释，使得对类似实验得剑的结果进行整合分析无从下手。 为充分发掘这个实验方法所产生的信息，本文构建了一种对转录调控元件的功能进行定量研究的方法，借用了Shapley值方法对综合突变实验数据进行分析，获得每一个被研究的转录调控元件在基因表达中的贡献值，同时，利用SVM方法对非完备综合突变实验数据进行预测和补齐，拓展了这一方法的适用范围。这一方法的建立，为定量分析转录调控元件在基因表达中的作用提供了有益的尝试。