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目的：本研究运用转录组学方法，以HIV/AIDS的常见中医基本证候气阴两虚证患者为研究对象，与同地区健康人作对照。提取受试者外周血中的总RNA，检测出HIV/AIDS气阴两虚证的差异mRNA和microRNA；运用定量PCR技术确认HIV/AIDS气阴两虚证的特异性mRNA和microRNA，构建HIV/AIDS气阴两虚证分子网络，找出HIV/AIDS气阴两虚证的转录组学物质基础，推测气阴两虚证可能的生物标志物，为HIV/AIDS中医证型气阴两虚证客观化研究及疗效评价提供一定的参考依据。使用经典方生脉饮颗粒剂进行药物干预进行反证，检测差异基因的转归情况。建立证候研究的转录组学技术平台，为从转录组学水平探讨中医证候本质提供思路和方法。方法：实验样本均源自河南省某地区艾滋病气阴两虚证患者和同地区的健康人对照，采用国家卫生部2011年版《艾滋病诊疗指南》诊断标准作为西医诊断标准。气阴两虚证中医诊断标准采用本项目组前期国家级课题成果“HIV/AIDS常见证候诊断量表”。使用Afffymetrix的DNA chips芯片，对各种基因芯片数据运用BRB-ArrayTools (Version4.2)软件进行分析处理，采用单变量样品进行方差检验进行差异基因筛选，分析上、下调基因的本体功能及信号通路，应用DAVID Tools（http://david.abcc.ncifcrf.gov/）在线分析，上下调基因相互作用分析，主要应用STRING（http://string.embl.de），及BRB-ArrayTools4.2软件附带的转录因子和相关文献进行分析，并对每张芯片信号值都以genes为中心，metric为centeredcorrelation，linkage为average linkage,对样品和差异信号进行双向层积聚类。结果：运用BRB-ArrayTools (Version4.2)软件对HIV/AIDS气阴两虚证病人组和健康对照组的基因进行方差分析，数据过滤为Percent of data missing or filtered outexceeds50%，Percent of absent (i.e.,Detection Call=A) data exceeds50%的标准下过滤：满足p<0.001；FDR<0.05标准的差异mRNA有739个，差异microRNA有177个。HIV/AIDS气阴两虚证组和健康对照组相关分析：发现mRNA和microRNA有功能关系的为153对，靶基因96条，根据这些靶基因之间相互作用，组成153个节点，260个边的相互关系图，分析HIV/AIDS气阴两虚证组和健康对照组microRNA和mRNA关系，得出此96条靶基因主要参与外伤反应应答、细胞增殖凋亡、细胞对氧化应激反应等功能，其中GNAQ、IL8、CXCR4、CCL4、PF4V1、FPR16条基因参与了趋化因子和细胞因子介导的炎症反应的信号通路，FOS、CFLAR、MCL1、BCL2A14条基因分别参与了细胞凋亡信号通路，PRKAR2B、GNAI3、STX113条基因参与毒蕈碱样乙酰胆碱受体II和IV的信号通路。这些靶基因主要与hsa-mir-25、hsa-mir-182、hsa-mir-183、hsa-mir-93、hsa-mir-363、hsa-mir-222等关系密切。通过药物干预后，发现通过聚类分析，基因表达谱可以显示治疗后与治疗前比较差异基因显著减少，具有向正常组转化的趋势，很好的显示出药物干预后基因的转归变化。结论：1.本课题通过基因芯片技术，查找出HIV/AIDS气阴两虚证的差异mRNA和microRNA，分析差异基因的本体功能及在其相互作用网络关系中的体现，能反映艾滋病气阴两虚证的发病的生物学基础。2.气阴两虚证组和健康组差异microRNA与靶基因之间的关联性分析，得出96条靶基因，某些microRNA通过靶基因参与外伤反应，细胞增殖调节和凋亡，细胞的氧化应激反应等，参与了HIV/AIDS气阴两虚证发病的病理过程。3.气阴两虚证患者进行生脉饮治疗后，治疗前后的差异性基因趋向于正常转归，分析这些转归基因功能，主要与细胞凋亡、免疫和创伤应答等有关，说明药物是通过与免疫和凋亡相关基因及信号通路功能发生变化来治疗疾病，提示其可能对艾滋病气阴两虚证患者有特异性。本研究分析了该病气阴两虚证的差异microRNA与其调控的靶基因的信号网络关系和中药干预后的转归基因的功能，从而查找与艾滋病中医证型相关的易感性或疾病发展相关的特异基因，对下一步结合蛋白组学、代谢组学等整体生物组学的研究有进展性的意义。