随着大众创业、万众创新浪潮席卷全国,创新已经成为社会经济发展的主流,使得当前资本市场日趋活跃、市场投资形式多样。其中,个人股权转让行为也日益增多,通过股权转让形式实现直接投资经营实体,或者通过股票买卖对上市公司进行资本投资的现象不断增多。根据我国现行个人所得税法相关规定,除个人从境内上市公司公开发行和转让市场取得的股票所得暂免征收个人所得税外,其他个人股权转让所得均应当依法缴纳个人所得税。但是,由于当前我国股权转让个人所得税征管方面存在一定的问题,加上股权转让行为的隐蔽性和复杂性,给国家税收造成较大的损失,更弱化了个人所得税的调节功能。为此,通过研究股权转让个人所得税相关问题,结合当前资本市场的发展特点和方向,探索出较为完善的、现实与未来发展相结合的法律制度,显得尤为重要。这也是当前税务主管部门的一项重要课题。本文首先对股权转让个人所得税的相关概念、特点、功能进行分析。个人股权转让行为的独特性,给税务机关带来了极大的征管困难。为了保证税收公平,发挥个人所得税的调节功能,对于股权转让的研究不断深入,出台了一系列股权转让个人所得税征管政策,取得了一定的实效。然而,随着当前市场环境的不断变化,资本运作愈发复杂,股权转让个人所得税征税问题日益凸显,比如股权转让收入核定难以操作、股权转让价格核定困难、缺少特殊性税务处理方式、盈利补偿或对赌协议征管模糊等。为此,本文通过分析一些比较典型的股权转让个人所得税征收案例,探讨了股权转让的操作手段以及征管程序,为股权转让个人所得税征收提供一定的借鉴意义。最后,针对股权转让个人所得税存在的相关问题,提出从立法和征管两个角度进行完善。既要进一步明确股权转让收入的确定、正当理由的内涵、完善股权转让协议效力认定,也要加快税收信息化征管的步伐,加强股权转让信息的管理,提高纳税遵从度。