条斑紫菜（Pyropia/Porphyra yezoensis）属红藻门（Rhodophyta）、红毛菜纲（Bangiophyceae）、红毛藻目（Bangiales）、红毛菜科（Bangiaceae）、紫菜属（Pyropia/Porphyra），分布在太平洋西岸。是潮间带藻类的模式物种，是实验室内抗逆机理研究的理想材料。近年来条斑紫菜在我国、日本和韩国进行了大规模的栽培。紫菜因含有丰富的蛋白质和紫菜多糖而具有很高的营养价值和保健价值。现在养殖产业中品系不断退化，病害频发，品系少等原因给紫菜产业带来了很大损失。为了新的栽培品系的开发和培育，对于野生种质资源的调查和保护就显的十分重要。所以本研究利用SSR标记和ITS序列对4个地域六个条斑紫菜群体进行了遗传多样性的调差。旨在评估我国野生条斑紫菜的遗传多样性，为种质库的建立提供依据，为良种的培育开发提供种质基础。在对紫菜的分子生物学研究中，高质量DNA的提取制备是一个十分重要的基础环节。本文利用生物样品均质器探索出了一套可以快速研磨样品高效制备基因组DNA的方法。SSR标记作为第二代分子标记技术在条斑紫菜中已经得到了应用，但是传统开发SSR标记的技术繁琐，效率低。我们在测序的技术上对条斑紫菜从基因组层面上进行了SSR标记的开发，用开发的11个具有多态性的SSR标记对大连、威海、烟台和青岛四个地域6个条斑紫菜群体的遗传多样性进行了评估。利用Popgene软件分析了不同群体的遗传多样性和群体间的遗传关系，用UPGMA法构建了六个群体的系统发生树。ITS序列在条斑紫菜中已经有研究证明了可以将其和甘紫菜等区分开，ITS1序列在条斑紫菜内部出现了很多多态性的碱基位点，实验中同样证明了ITS2和5.8S中同样存在多态性位点。我们对6个野生群体进行了物种的鉴定，另外利用ITS序列对不同地域的条斑紫菜进行多样性分析。结果如下：利用四种研磨介质、干燥和新鲜两种样品材料、不同的研磨时间，优化了条斑紫菜叶状体DNA制备的方法。实验结果证明用0.2mL钢珠作为研磨介质，研磨时间为5s，研磨速度为6800rpm，研磨干燥和新鲜样品材料，利用我们的提取方法可以制备高质量的条斑紫菜DNA。从基因组中按照重复基序类型所占的比例挑选出56个SSR位点设计了引物，通过引物的筛选，最后获得了11对具有多态性的位点。利用这11个SSR位点6个野生条斑紫菜群体的遗传多样性进行了评估，青岛和大连群体的遗传多样性较高，而威海和烟台群体的遗传多样性较低。青岛两个地点湛山湾（Qingdao_ZS）和汇泉湾（Qingdao_HQ）两个群体的遗传距离最小（0.0091），遗传相似系数最高(0.991)，而烟台（Yantai）群体和威海（Weihai）群体的遗传距离最大（0.3487），遗传相似系数最小（0.7056）。通过UPGMA聚类分析，将青岛的三个群体聚为一支后与威海（Weihai）群体聚为一支；大连（Dalian）群体和烟台（Yantai）群体聚为一支，最后两支聚为一支。在野生条斑紫菜的6个群体中，每个群体中ITS成功测序的样品数为20-28个，最高的为Qingdao_ZS群体，最少的为Weihai群体。所有样品的ITS1序列通过聚类分析，均与条斑紫菜聚为一支。群体内的遗传距离为0.0011-0.0129，最大的为Dalian群体。甘紫菜（P.tenera）和P.kinositae与条斑紫菜样品的遗传距离最远，Dalian群体与其他5个地域的群体的遗传距离最远。实验结果表明，SSR和ITS序列都可以作为条斑紫菜群体遗传多样性调查的方法；中国条斑紫菜野生群体的遗传多样性高，可以为我们建立种质库、培育新品种提供宝贵的种质资源。