宏基因二代测序技术在肺部感染病原学检测中应用价值的探讨

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研究背景:肺部感染(Pulmonary infection)是全球发病和死亡的主要原因之一,由于传统病原检测方法检测周期长、阳性率低,快速准确的诊断病原体仍是一大挑战与难题,宏基因二代测序(metagenomic Next-Generation Sequencing,m NGS)是一种高通量测序的检测方法,为快速、准确的诊断和治疗疑难感染性疾病提供了技术依据,可以快速对已知和未知病原体进行检测,为肺部感染的病原学诊断提供了新的诊治思路。研究目的:评价宏基因二代测序检测法在肺部感染患者中的病原学检测性能,通过本次研究探讨宏基因二代测序技术的临床应用价值。研究方法:回顾性分析2019年11月-2021年10月就诊于吉林大学第二医院呼吸与危重症医学科,已行传统病原学检测和m NGS检测的肺部感染患者112例。收集患者一般临床资料、症状、体征、实验室检查(一般细菌/真菌培养、抗酸杆菌涂片、白细胞计数、支原体/衣原体/病毒抗体系列、C-反应蛋白、降钙素原、血沉等)、影像学资料及m NGS检测结果。以临床最终诊断为标准,通过比较宏基因二代测序法和传统检测方法,探讨两种方法在肺部感染病原学诊断的差异,比较两者在不同样本类型、不同致病菌、不同分组中的检测效能。研究结果:1.与传统病原检测相比,宏基因二代测序的病原检测阳性率高,并且检出的致病菌种类和数量明显多于传统组,特别是对罕见及培养条件苛刻的致病菌。m NGS在支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)、血液、痰液中检测阳性率均高于同组传统病原检测(P0.05),特异性未见明显统计学差异(33.33%vs 100.00%,P>0.05)。6.22例患者诊断为混合感染,较常见的感染类型为细菌-细菌混合感染(9/112),真菌-病毒感染(3/112),重症肺炎组中混合感染的比例高于非重症肺炎组(39.29%vs 13.10%,P<0.05)。7.91例患者m NGS检测阳性,65例患者根据检测结果调整用药,其中有36例为传统病原检测阴性的患者,共有54例患者根据m NGS阳性结果调整用药后病情好转。结论:1.在肺部感染的病原学检测中,m NGS提高了致病微生物的检出率,有助于致病菌群的研究,对不同样本及细菌、真菌的检测阳性率均优于传统病原学检测,尤其是罕见及培养条件苛刻的病原体,并可以协助指导肺部感染精准诊断和治疗。2.m NGS检测效能因样本类型及病原体种类而异,m NGS尚不能完全替代传统病原学检测,但是可以作为传统病原学检测的有效补充。
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