骨髓纤维化的临床特征及基因富集分析

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背景骨髓纤维化(Myelofibrosis,MF)是BCR-ABL阴性的骨髓增殖性肿瘤(Myelopro-liferative tumor,MPN),可为原发性疾病,也可继发于其他疾病,目前骨髓纤维化的发病机制尚不明确,约50%的骨髓纤维化患者存在JAK2V617F点突变,因此目前关于骨髓纤维化机制研究较多的通路即为JAK-STAT通路,但是JAK抑制剂的应用不能有效的逆转骨髓纤维化病程,目前许多研究均在寻找骨髓纤维化中存在的其他信号通路。目的对近3年在我院诊断为原发性或继发性骨髓纤维化的患者进行回顾性分析,分析原发性及继发性骨髓纤维化的临床特征;并通过对GEO数据库中骨髓纤维化及基因表达谱进行富集分析,探讨除JAK-STAT通路之外的其他信号通路,并指导临床诊断方向。方法基因表达谱来源于美国国立生物技术信息中心共享数据库GEO(http://www.Ncbi.Nlm.gov/geo/),下载骨髓纤维化的基因表达谱GSE26049,GSE84638,GSE124281;3个表达谱中均有PMF组与健康对照组,将两组进行生物信息学分析。应用基因芯片平台(GPL)文件将GSE26049,GSE84638,GSE124281的基因表达谱转换为对应的基因名称(GENE SYMBOL),形成新的芯片数据表,参照分子标签数据库(Molecular Signatures Database,MsigDB)中Hallmark类别的基因集,对GSE26049,GSE84638,GSE124281骨髓纤维化的基因表达谱进行基因富集分析。将与表达谱中正常对照组比较出现异常的基因集信号传导通路按标准化富集分数(Normalized Enrichment Score,NES)值降序排列,且FDR q-val(false discovery rate)<0.25,分别选取(GSE26049,GSE84638,GSE124281)NES降序排列前12、17,8位的基因集作为富集分析的基因集。应用GSEA 4.0.3软件进行基因集富集分析,分析结果ES为富集分数,NES为标准化的富集分数,NOM p-val(nominal p value)为P值。当NES绝对值≥1.0,P<0.05,且错误发现率FDR q-val<0.25为基因集合有意义。应用Venny2.1软件分析GSE26049,GSE84638,GSE124281三个基因表达谱中PMF异常基因的交集信号传导通路,绘制韦恩图。结果1.共入组43例骨髓纤维化患者,其中原发性骨髓纤维化患者25例,继发性骨髓纤维化患者18例,年龄范围为47-79岁,平均年龄为64岁,43例患者均有血象的异常,PMF患者中,一般表现为轻度贫血;白细胞异常的有19例(76%),均值13.0(2.7-37.9)×10~9/L;血红蛋白异常的有20例(80%),均值95.0(42.0-183.0)g/L;血小板异常的有18例(72%),均值276.6(5.0-799.0)×10~9/L,其中血小板增多的有11例(44%),血小板减少的患者有7例(28%)。25例原发性骨髓纤维化患者均有脾脏增大,脾脏大小均值67.5(44-98)mm。原发性骨髓纤维化患者有血栓的风险,可能与血小板增多有关;2.继发性骨髓纤维化患者中,其临床表现均与原发病有密切关系,因此,继发性骨髓纤维化患者的临床数值偏差较大,18例(43%)继发性骨髓纤维化患者,年龄范围为47-77岁,平均年龄为64岁。16例(89%)患者的血常规存在异常,其中白细胞异常的有10例(56%),均值18.9(2.1-221.2)×10~9/L;血红蛋白异常的有15例(83%),均值97.1(36.0-210.0)g/L;血小板有异常的有13例(72%),均值366.2(7.0-1733.0)×10~9/L,其中血小板增多的有7例(39%),血小板减少的患者有5例(28%)。继发性骨髓纤维化患者中11例(61%)患者有脾大,脾脏大小均值为44.9±13.0(29.0-77.0)mm,7例(39%)患者脾脏大小正常。但观察到血小板增多的患者占比39%,所以继发性骨髓纤维化患者中血栓的风险可能与此相关;3.原发骨髓纤维化及继发性骨髓纤维化患者均有脾脏增大,原发性骨髓纤维化患者脾脏大小均值67.5mm,而继发性骨髓纤维化患者中脾大的发生率仅有61%,其它39%的患者脾脏大小正常。继发性骨髓纤维化患者的脾脏大小44.9±13.0mm。原发性骨髓纤维化患者脾脏明显大于继发性骨髓纤维化患者(P<0.0001);4.通过对三个基因数据库基因谱的分析,骨髓纤维化正相关HALLMARK基因集有中的活性氧(ROS)途径、上皮间质转变异常突出,可能成为下一个原发性骨髓纤维化治疗的靶点。结论本研究中所有骨髓纤维化患者血象均异常,原发性骨髓纤维化脾大发生率及脾脏大小均明显高于继发性骨髓纤维化。结合临床数据及对基因表达谱的基因集富集分析(GSEA),考虑除了JAK-STAT信号通路的抑制剂之外,活性氧(ROS)途径、上皮间质转变可能在原发性骨髓纤维化的分子机制中占有重要地位,结合目前相关研究,上皮间质转变在纤维化过程中有非常重要的作用,可能成为下一个原发性骨髓纤维化分子机制的研究方向。
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