我国高等教育普及化进程正在不断加快,高等教育事业获得了令人瞩目的成就。随着经济发展方式的深刻变革,互联网大数据技术的迅速发展,公众对教育质量和办学水平的密切关注,新一代95后,00后学生群体展现出更多新的个性特点,在此背景下,创新人才培养模式,提高人才培养质量成为党和国家对高等教育的新要求,也是坚持高等教育内涵式发展的必然选择。从2005年起,以复旦大学、西安交通大学为首,国内多所高校纷纷进行书院制试点,书院制改革成为高校教育改革的新尝试和新举措。南京审计大学自2014年实行书院制,至今已历时五年。本文从书院制的内涵入手,阐释了书院制改革的理念和理论基础,分析了南京审计大学书院制改革的背景、措施和成效,并深入探讨了当下书院制运行中不足,如书院自治权和教育功能受限,双院协同面临一定困难,设施和特色文化建设不足,导师制遭遇形式主义,通识教育存在问题等。针对上述问题的存在,借鉴英美住宿学院、中国古代书院、香港中文大学以及内地典型高校的成功经验,提出完善和优化南京审计大学书院制的六条路径:一是制度层面应加强总体设计和政策支持;二是优化两院三务联动机制;三是重视设施的完善和文化内核的凝练;四是完善师资培育和管理机制;五是科学规划学生社区和社团活动;六是加快数字化校园和教育管理平台建设。