计算机辅助药物分子设计方法研究

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该论文围绕构效关系、分子对接、自由能计算,分子对接以及溶剂效应等药物设计方法进行了深入地研究,对一些方法进行了创造性的发展.论文的研究内容包括下面几个方面:1.构效关系方法的研究.在二维定量构效关系(2D-QSAR)研究中,引入了遗传算法,并结合多重线性回归和交互验证来寻找合理的变量组合,以建立最佳的构效关系模型.2.分子对接方法的研究.发展了基于表面匹配的软对接和基于能量匹配的柔性对接相结合的分子对接方法,即SFDOCK方法.3.结合自由能计算方法的研究.采用LIE方法以及MM/PBSA方法计算了一组hydroxamate类抑制剂和MMP-2之间的结合自由能.在基于LIE的自由能计算中,扩展了传统的单参数模型,提出三参数的预测模型.4.SAWSA溶剂化模型.发展了一种基于加权原子表面的水合自由能预测模型 (SAWSA).采用该模型,可以根据原子类型和原子表面,快速而准确地预测分子的水合自由能.5.构象分析方法研究.首次将遗传算法和蒙特卡罗模拟结合进行多肽分子的构象分析.6.EGF-R和喹唑啉类抑制剂的相互作用研究.采用了CoMFA和CoMSIA方法,进行了几类4-苯胺喹唑啉类抑制剂的三维定量构效关系的研究.
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