回顾二十多年的发展历程,保税监管区域对高速发展的中国经济和不断深化的改革开放中发挥了重要作用。随着我国经济日益融入世界经济一体化,保税监管区域的优势有所弱化,一些缺陷开始显现。如保税监管区域的管理涉及到中央和地方多层次的众多部门,法律体系分散、行政管理体制复杂等,造成各监管部门之间管理不畅,区内运营成本高、货物流动速度慢等。当前我国正在加快政府职能转变,营造便利化的贸易环境,保税监管区域也面临着转型发展,其中协作管理创新就是一个很大的方面。有效的区域管理协作将有助于满足企业运作多样化和高效管理服务的需求,使保税监管区向规范、高效、符合国际管理的自由贸易区转型。本文认为,在目前中国科层制的官僚体系下,保税监管领域的问题在于权力过分集中于各条线后,造成的部门封闭割裂的现象。相比之下,国外的行政部门过于碎片化,需依靠协作管理来集中行政的权力；而中国的行政部门过于集中在条线内部,需要下放权力,来赋予基层协同合作的权限。而应对的策略,在于增强协同性管理,一方面是建立有一定自主权和行政能力的统一领导机构,打破部门条线分割；另一方面是以此进行业务流程再造,搭建互通共享的监管信息系统。本文还研究了国内外保税区域的协作关系,通过汉堡、美国、迪拜等国外知名自由贸易区与我国保税区协作关系的比较分析,论述了目前区域协作管理中存在的问题和关键因素。同时,通过分析对我国保税监管区域的协作管理背景、深层分析以及其中的问题,分别从协作理念创新、流程再造、信息化管理这三个方面进行了论述,并提出了文章的主要对策。